法律分析：法律性质不同。责令停产停业属于《中华人民共和国行政处罚法》明文列举的法定处罚种类之一，在法律性质上属于行政处罚。责令停业整顿的法律性质究竟属于行政处罚还是行政措施，长期以来存在较大争议。2014年9月，国家烟草专卖局在《国家烟草专卖局办公室关于行政处罚权力有关事项的批复》中对此进行了明确，将责令暂停烟草专卖业务、进行整顿认定为《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》赋予烟草专卖许可证发证机关的一项行政管理措施。适用范围不同。从时限上讲，责令停产停业与责令停业整顿虽然同属在一定期限内中止行政许可的效力，但在适用范围上却有着较大区别。责令停产停业适用于被许可人全部被许可生产经营活动的暂时性中止，而责令停业整顿仅适用于烟草专卖业务一项，并不涉及其他被许可事项。因此，就适用范围来说，责令停业整顿要比责令停产停业的适用范围窄。法律后果不同。从法律后果上看，责令停产停业的处罚决定具有终局性。被许可人在责令停产停业期限届满后，自动恢复行政许可资格，不需再重新申请相关行政许可。但与责令停产停业不同的是，责令停业整顿的处理决定不具有终局性效力，即被许可人在停业整顿期满后并非必然自动恢复行政许可资格。按照现行烟草专卖法律规定，被许可人在停业整顿期间应当积极进行整改，消除引起停业整顿的法律事由和因素，整顿期满后，发证机关视其整改情况决定恢复其营业或者取消其从事烟草专卖业务的资格。因此，从法律后果上讲，责令停业整顿的法律后果具有不确定性。救济途径不同。有权利必有救济，责令停产停业与责令停业整顿的区别还体现在权利的救济途径上。责令停产停业与责令停业整顿同属具体行政行为，当事人认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，可以申请行政复议或者提起行政诉讼，以实现权利救济之目的。但是，对于责令停产停业来说，《中华人民共和国行政处罚法》第四十二条、《烟草专卖行政处罚程序规定》第四十四条均规定了当事人有要求举行听证的权利，而对责令停业整顿并未规定要求听证的救济措施。基于此，行政机关在作出责令停业整顿的处理决定时，无须告知当事人有要求举行听证的权利。
法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》 第四十二条 行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利；当事人要求听证的，行政机关应当组织听证。当事人不承担行政机关组织听证的费用。听证依照以下程序组织：（一）当事人要求听证的，应当在行政机关告知后三日内提出；（二）行政机关应当在听证的七日前，通知当事人举行听证的时间、地点；（三）除涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私外，听证公开举行；（四）听证由行政机关指定的非本案调查人员主持；当事人认为主持人与本案有直接利害关系的，有权申请回避；（五）当事人可以亲自参加听证，也可以委托一至二人代理；（六）举行听证时，调查人员提出当事人违法的事实、证据和行政处罚建议；当事人进行申辩和质证；（七）听证应当制作笔录；笔录应当交当事人审核无误后签字或者盖章。当事人对限制人身自由的行政处罚有异议的，依照治安管理处罚法有关规定执行。