燕山期是本区花岗岩浆的强烈活动期。该时期强烈的断块运动，不仅造成许多老断块的复活而再次活动，而且形成了许多新的断裂，从而伴随多期的岩浆侵入活动，形成了大量的花岗岩类侵入岩。这些侵入岩按其侵入先后可进一步分为四期。
1.燕山第二期（中侏罗世）侵入岩
本区该期花岗岩类侵入体分布有限，目前仅有大埔圩花岗闪长岩岩体。该岩体出露于大埔圩附近，呈长条状近东西向展布，出露面积约12km2。该岩体被燕山第三期花岗岩侵入，Rb-Sr同位素年龄为163Ma。岩石呈斑状结构，但斑晶较少，其主要矿物由斜长石（An为20～50，约占42%）、钾长石（占10%左右）、石英（约占30%）和黑云母、角闪石组成。副矿物以磁铁矿为主，其次为钛铁矿、榍石、磷灰石等。
该期还有基性岩浆活动，在玉水矿田中出现多期侵入的辉绿岩脉，早期辉绿岩脉侵入于下石炭统石英砂岩及中上石炭统碳酸盐岩中，其全岩K-Ar稀释法年龄为150Ma（鉴于其受到后期矿化和蚀变，故测定年龄显然偏低）。这里应特别指出，产于玉水矿田中的辉绿岩具有较强的铜、铅、锌矿化。据测定，其Cu含量（质量分数，下同）达0.23%～0.66%,Pb含量为1.2%～4.1%,Zn含量为1.65%～3.66%。
2.燕山第三期侵入岩
本期侵入活动为最强烈、最广泛，形成了主要由黑云母花岗岩组成的巨大的复式岩基的主体部分。侵入最新地层为晚侏罗世火山岩，并常见被白垩纪砂砾岩沉积覆盖。
大埔黑云母花岗岩、坪沙黑云母花岗岩和黄竹塘黑云母花岗岩岩基侵入最新地层均为晚侏罗世火山岩。后者K-Ar法年龄为148Ma。
上述花岗岩岩基中大埔岩体的岩相分带明显，可分为内部相、过渡相、边缘相三个带。由内部相至边缘相粒径由粗粒→中粒→细粒。而坪沙和黄竹塘黑云母花岗岩岩基岩相带发育不全。各岩体的主要造岩矿物成分如表1-4。主要矿物特征简述如下。
钾长石：多属微斜微纹长石，格子双晶明显，条纹构造发育。钾长石的光轴角为58°～86°，三斜度为0.35～1，以0.6～1为主，有序度为0.43～0.78，属中至最大微斜长石型。钾长石含量占81.95%～93.94%。
斜长石：一般为奥中长石（An为12～25.9）由于去钙化作用，多变为钠奥长石。但在岩体的不同岩相带中是有变化的，一般由内部相向边缘相斜长石An降低，基性程度降低，酸性程度则增加。
石英：在岩体中含量较高（30%左右），多为粒状，石英中熔体包裹体较发育，均一温度为856～910℃（未经压力校正）。
黑云母：为黑色片状，多色性明显，Ng——深棕至暗褶色，Np——淡黄色。据莫柱荪等资料[13]，黑云母化学成分中MgO含量占8.03%～8.89%,LiO2含量为0.12%～0.32%，均为镁铁云母系列的黑云母。
副矿物成分达20余种，其中大埔岩体总平均含量高达1267.9g/t，磁铁矿含量高于钛铁矿，其磁铁矿与钛铁矿比接近34∶1。其它还有金属硫化物，稀有、稀土及放射性矿物；在坪沙岩体中含褐钇铌矿物高达11.2g/t。
由岩石化学成分分析结果（表1-5、1-6）表明：大埔岩体SiO2含量为73.38%，坪沙岩体SiO2平均含量高达76.31%，两岩体中均K2O>Na2O。里特曼指数（σ）为1.87～1.94，都属于钙碱系列岩石。
表1-4 黑云母花岗岩基主要造岩矿物成分
表1-5 黑云母花岗岩化学成分（wB/%）
注：资料来源于参考文献[7]。
表1-6 黑云母花岗岩主要参数特征
注：KNC=w（K2O）/w（Na2O+CaO）;AI=100×w（MgO+K2O）/w（MgO+CaO+Na2O+K2O）。
岩体中微量元素Sn、BE、Cu、Pb等丰度较高，有些岩体中Sn元素丰度为酸性岩的维氏克拉克值的26～33倍。在莲花册深断裂带以东地区相对富集Cu、Pb、Zn、Mo等元素；在其西侧相对富集Pb、W、Sn、Li等元素。
区内岩体以重熔型花岗岩为主，同熔型花岗岩较少。
3.燕山第四期侵入岩
本期岩体常见产于侏罗纪花岗岩体中或其附近的晚侏罗世火山岩中，也有的侵入于早白垩世红层中。岩体同位素年龄主要集中在100～135Ma之间。第四期侵入岩明显可划分成中酸性岩类和酸性岩类两大类。中酸性岩类的岩石以花岗闪长（斑）岩和二长花岗岩为主，尚有少量黑云母花岗岩、石英闪长岩、闪长岩等。除个别呈岩基状产出外，大部分以岩株、岩墙产出。花岗闪长岩类由斜长石（40%～60%）、钾长石（10%～20%）、石英（20%～35%）、黑云母（5%～10%）、角闪石（4%～10%）等组成。二长花岗岩类由斜长石（30%～48%）、钾长石（23%～35%）、石英（20%～30%）、黑云母（5%～10%）、普通角闪石（3%～5%）组成。副矿物组合以磁铁矿-榍石-磷灰石-锆石为特征，磁铁矿含量大于钛铁矿。
花岗岩类岩石的化学成分含量（wB）变化较大，二长花岗岩中含SiO270%～73%，而黑云母花岗岩中含SiO2为76.8%（八乡），碱质含量为7%～8%，且K2O＞Na2O，σ为1.85～2.33，属钙碱性系列岩石。微量元素中Cu含量为14.5×10-6～31×10-6,Pb为32.5×10-6～39.5×10-6、Zn为186.3×10-6～195×10-6,Mo为5×10-6～11.3×10-6。在部分岩体中Cu、Pb、Zn等成矿元素明显富集成异常区。酸性侵入岩类的岩石类型为黑云母花岗岩，呈小岩株状产出，主要沿东西带分布，其次沿北东向分布。造岩矿物有钾长石、斜长石、石英、黑云母等。钾长石中条纹极发育，属微斜微纹长石；斜长石主要是酸性斜长石，以钠奥长石为主；黑云母呈叶片状，多色性显著。副矿物种类多，普遍含有稀土及放射性矿物，如铌铁矿、褐钇铌矿、硅铍钇矿、榍石等。岩石化学成分显示酸度较高，SiO2平均含量为74%，碱质含量为6.6%～8.9%，且K2O＞Na2O；σ主要集中于1.9～2.3之间，为钙碱系列岩石。
4.燕山第五期侵入岩
本期侵入岩岩石类型以花岗斑岩类为主，其次为细粒黑云母花岗岩、钾长花岗岩、石英斑岩等，呈小岩株、岩墙、岩脉侵入于早期花岗岩或白垩纪红色砂砾岩中。岩石K-Ar稀释法同位素年龄为90～110Ma。
斑岩类岩石具斑状结构，斑晶含量占20%～30%。主要为钾长石（40%～50%）、斜长石（15%～25%）、石英（25%～35%）、黑云母（1%～2%），基质成分由长石、石英等组成。副矿物有磁铁矿、榍石、锆石、磷灰石等。岩石化学成分显示酸度高，SiO2＞74%；碱质含量为7.61%,K2O＞Na2O。