黄浦区卫生局内部设有多个专门机构，这些机构按照职责划分，各有其独特功能。首先，有党务工作的核心部门——党工委办公室，负责党的组织和思想宣传工作。接下来是组织科，负责处理人事和党务相关事务。
在管理方面，纪检监察科确保公正廉洁，行政办公室则负责日常行政管理和协调工作。人事科则负责人力资源的规划与管理，财务科则负责卫生局的财务管理和预算执行。
在医疗和药事管理方面，设有医管（药事）科，确保医疗服务质量与药品管理。卫生监督科负责对卫生行业进行监督和检查，保障公众健康权益。预防疾病是关键，疾病预防科在此承担重要职责。
对于卫生系统的科技教育提升，科技教育科承担起推动科技进步和知识普及的任务。社会卫生方面，社会卫生科关注公共卫生问题，促进社区健康。此外，政策研究室负责卫生政策的制定和研究，确保决策科学性。
后勤和资产管理由总务资产科负责，而审计科则确保财务活动的合规性和准确性，是卫生局内部的重要审计力量。