为了提升北京大学医院的现代化管理水平，医院已经全面引入了计算机信息化系统，涵盖了行政和业务管理的各个环节。从挂号、门诊、检查、药房，到入院、住院、结算和出院，整个流程都在统一的局域网中无缝衔接，提高了管理效率，为持续优化服务质量奠定了基础。
医院采用先进的技术监控每位患者的消费和医生的治疗用药，确保资源的有效利用，避免了不必要的浪费。今年年底，公职人员的就医将实现公疗账户刷卡，电脑自动查询系统将公开所有治疗、收费信息和患者费用明细，确保透明度，让患者在监督下接受医疗服务。
以"一切为了您的健康"为办院宗旨，北京大学医院强调树立良好的医德医风，以患者为中心的服务理念。医院严格遵守《中华人民共和国医务人员医德规范及实施办法》，通过每日的意见收集和巡视，及时解决患者和家属提出的问题，积极接受批评和建议，以全面负责的态度，致力于建设专科特色的医疗保健服务中心。
北京大学医院（Peking University Hospital）即北大校医院，属于北京市批二级综合医院，隶属于北京大学， 2009年12月起北京大学医院搬迁至中关村北大街、位于北大博雅国际会议中心南侧、廖凯元楼北侧的新址。12月14日，新北京大学医院开始启用并投入试运行。北京大学医院新院建筑面积32786平米，可容纳180多张住院床位。新院引进包括最新型的核磁共振成像仪、血管造影仪、数字X射线透视仪等各种先进设备，共投资8000多万元。