生物化学相比其他的化学学科有其独特的特点，主要有：
①研究对象为生物体内的化学物质。因此，具有明显的化学特色，与其他的化学
学科交叉，但更重视其体内物质的生物学活性或生物学意义。
②不同生物大分子其合成、结构和功能等方面各有特色。
③代谢过程是分步进行的，而且受到精确的调控。如
葡萄糖在空气中燃烧生成CO2和H2O是剧烈的放热反应，而在体内，却在温和的条件下进行，经过3大途径（葡萄糖分解为
丙酮酸、丙酮酸氧化为乙酰CoA和乙酰CoA氧化）、20多个连续反应才能完成，反应过程受酶及代谢物等精确控制。
④生物氧化过程主要以脱氢方式进行（如乙醇脱氢酶），而直接加氧反应在生物体代谢过程具有特殊的意义。
⑤强调
分解代谢与合成代谢的偶联，物质代谢与能量代谢的偶联，合成代谢所需能量来源于分解代谢（
能量守恒定律）。
⑥关注生物大分子的结构与功能的关系。其中，蛋白质结构与功能、核酸结构与功能、核酸的复制和蛋白质的生物合成更具有生物化学特色。
⑦注重代谢过程的调控，使生物体内物质分解与合成过程有条不紊地进行。
⑧没有局限于分子水平研究生命现象，也在细胞或
细胞器水平研究生命现象。如生物体的代谢调控可以在细胞、分子水平进行。高等动植物还可以通过激素进行调控。酶活力调节是典型的分子水平调节，生物体内酶促反应（代谢过程）受反馈抑制影响。酶含量的调节可发生在细胞水平。生物过程中酶的合成受诱导与阻遏的控制。