刘裕杀了司马懿的后人主要是为了灭国之恨，还有他心中有野心，想要谋权篡位，所以才要将司马家族的人全都给杀掉自己才能实现改朝换代。刘裕和司马懿究竟有何深仇大恨？
一、灭国之恨
刘裕出身平民，当时东晋是依靠豪门氏族来延续统治的，所以说那时皇帝并没有所谓的实权，而是依靠以王谢家族为首的这一些贵族世家同少数民族抗争，还有来镇压叛乱。刘裕通过自己的不懈努力，终于掌控了北府兵，之后回到京城直接就以雷霆之势控制了朝廷，并且对司马家族斩草除根。
这个由司马炎创立的晋朝也由此被毁灭，这也是第一个被全家杀光的皇室贵族。刘裕下如此狠手，主要是因为他本就心狠手辣，而且他对司马家族也有着很大的仇恨，因为当时刘禅被武力要求投降之后，蜀汉就被灭亡了。所以蜀汉后裔们都是对司马家族恨之入骨的，刘裕此举也是为了得到那一批蜀汉残余势力的支持。
二、野心勃勃
重点还是刘裕这个人野心很大，毕竟能从一个市井混混，到最后凭借着蛮力还有智商走到了朝廷的最终位置，那足以见得这个人心机很重。刘裕懂得联合朝廷众臣去讨玄，并且还会抓紧任何机会来让自己的党羽渗透到朝廷的各个位置。他很懂得掌控人心，而且还居功自傲，等到权力都在手的时候，又妄想谋图皇位，所以篡位的野心昭然若揭。
三、目的是为了改朝换代
刘裕一辈子都在为自己谋朝篡位做准备， 在晚年的时候，他为了以绝后患，于是发动了政变。直接就将皇帝给搞死了，并且在创立了南朝之后，他终于成为了老大。那么为了自己的统治可以巩固，他自然要把司马家族给杀光。那么刘裕为什么把司马懿家族灭族？
一、斩草除根、遗留后患。
司马家族是西晋王朝的建立者和继承者，从司马懿到司马昭为了夺取政权，忍辱负重，卧薪尝胆，司马家族人才辈出，都不是泛泛之辈，都是玩阴谋的高手、也是心狠手辣之辈。
刘裕虽然登上了皇位，但自己的皇位是从司马家族手里夺来的，名不正言不顺，心里有愧。而司马家族都是权谋高手，身上有阴险狡诈的基因，非常不好对付。不杀司马家族，自己怎么能睡安稳？
俗话说，除恶务尽、斩草除根，司马家族有一个人活着，他们就可能报仇雪恨，咸鱼翻身，进行复辟，所以刘裕必须要心狠手辣，诛灭司马家族。
二、以牙还牙、为祖报仇。
众所周知，刘氏是汉朝的主人。而在三国后期，是曹魏彻底消灭灭亡了偏安一隅的蜀汉政权，而司马懿后代司马昭等是曹魏的中流砥柱，对此有不可推卸的责任。刘裕此人又以汉朝宗室后裔自居，把这件事当成深仇大恨，这笔账当然要跟司马家族来算。
三、自己年迈，儿子年幼。
其实刘裕一开始犹豫不决，并没有下定决心要斩草除根，但是当时刘裕夺取皇位的时候已经57岁，身体状况也不好。
当时人的平均寿命很低，还不到40岁，刘裕的年龄已经是高寿了，加上自己身体不好，已经去日不多，就非常担心去世之后政权的稳固。尤其是自己的接班人——太子刘义隆年方14岁，无论如何不会不考虑自己撒手人寰，儿子不能掌控全局，东晋的后裔更是最大的不稳定因素，是心头大患。
再次情况下，他在一咬牙，一狠心，痛下杀手，决定要杀死已经被废掉，降格为零陵王的晋恭帝。
于是421年，刘裕派手下去指使手下人毒杀晋恭帝，在此之后又索性诛杀了司马家族。事实上，刘裕的身体状况的确很早，在干完这一切一年之后，刘裕就一命呜呼了。
刘裕诛杀司马家族，还是显示出了自己的极大不自信，他诛杀禅让皇位的司马家族，开了一个非常恶劣的先例，最后自己后人在禅让皇位之后，被北齐开国皇帝萧道成斩尽杀绝，也算是报应了。
刘裕出生在东晋，是南朝刘宋的开国皇帝。当后人提及这个人的时候，通常都会把他屠杀司马懿后代的事情摆出来。甚至有的人说，刘裕开创了屠杀前代王公贵族的先河。如此一来这个人在历史上的名声就变得非常糟糕。那么刘裕为什么要把司马家族灭族呢？仅仅是为了维护统治吗？
假如刘裕是为了自己称王称霸，去屠杀司马家族，这个理由似乎比较充分。古代的枭雄心中，皇帝是一个至尊的地位。能够登上皇位就拥有了无限的权力，为了维护自己的统治，一个皇帝对前朝有影响力的家族赶尽杀绝也是情理之中的事情。当年秦始皇焚书坑儒就是排除异己的一种残忍的行为，刘裕为了维护自己的帝王事业杀司马家族，似乎也是有道理的，没有什么问题。
但是在刘裕之前，新皇登基就屠尽前朝王公贵族的做法并没有流行。无论是在春秋战国还是在汉朝，这种情况都很少。
帝王虽然有杀前臣的想法，可是都没有像刘裕这样将司马家族屠尽，这种残忍的程度是历史上的帝王所没有的。先秦以及秦汉时期，封建的仁义道德思想还是根深蒂固的。帝王虽然永远有无上权力，可是为了保持自己的名声也不会轻易屠尽前代的臣子，反而多有厚待。
敢于屠尽司马家族，这其中可能还有另外的原因。从整个历史背景以及刘裕自身的经历来看，他似乎也有动机屠杀司马家族。要知道刘裕早年是农民出身（卖过草鞋），政治觉悟其实并不高。他的思维可能受到了农民阶级那种简单粗暴的方式影响，但凡有人对自己的统治构成了威胁，很可能采取一些极端措施，屠杀前朝家族未必是不可能的。而且刘裕同时也是军人出身，长期在外征战，本身不怕血腥，已经把生死置之度外的一个人，也不怕杀人。
另外，刘裕是名正言顺的西汉皇室之后，其实从曹丕篡汉之后，魏晋南北朝的皇帝没几个名正言顺的，就连刘裕也是代晋自立。但人家身上有汉室的光环，就算干出点出格的事情也没什么压力。之前杀个大臣都是暴君，刘裕不但灭族还是前朝皇族。即便这样在当时也被称为明君，其实还是这层名正言顺的汉室宗亲起了作用。
谈完这些细枝末节，再来聊一聊重点，细心地读者会发现，上文数次把"屠杀王公贵族"和"屠杀皇族"混用，其实这就是笔者要表达的核心意思。
在刘裕称帝之后，曾大力推行改革，史料记载其曾多次派人访民间疾苦。重用寒门子弟，终结了门阀专政的时代，奠定了南朝"寒人掌机要"的政治格局。要知道这是很不容易的，历朝历代纵使皇帝再想要中央集权，都不得不借助氏族阶级的力量。而刘裕由于自己本身出身寒门，手中又有足够的权利，真的做出了这样的改革，杀前朝皇族可以说是一个起点和信号。
再来看事件本身，刘裕屠尽司马家族确有其事，但是并没有像人们流传的那样极端狠毒。最开始他并没有赶尽杀绝的意思，刘裕最先杀了晋安帝，后来将司马德文挟持起来，相当于曹操当时的挟天子以令诸侯。这时候的刘裕对晋朝的皇帝还有一丝的敬畏存在。只是后来他的手段变得越来越毒辣。
司马德文这个傀儡皇帝后来被软禁起来，公元420年刘裕逼迫司马德文退位，改国号为宋，史称刘宋。司马德文被软禁期间还有司马家的忠臣为其办事，这让刘裕跟司马家族的关系变得非常紧张。普通人怒气来了，也恨不得杀了对方。更何况刘裕当时刚坐上皇位，各种势力虎视眈眈，稍不留神皇位就会被夺走，在这样的情况下屠杀司马家族也是有可能的。
说到底还是为了王权。当时的封建专制制度经历过秦汉两个朝代的发展，已经非常稳固。天下的百姓都以天子为尊，皇上的地位是很多百姓一辈子想都不敢想的。刘裕能够从一个农民突然变成一个皇帝，能够把握实权，这种蜕变是会让一个人发疯的。而一个疯子如果屠杀了前朝的大臣，没有丝毫的礼节观念，似乎也是可以讲通的。