首先，从科学角度讲，番茄属于水果，这点的确没错。韦氏词典告诉我们：水果通常是“种子植物的可食生殖部位”。此外，它还作出了更简单的解释：“水果是长在植物上、能够将植物种子带到外部世界的东西”。这个定义包括了苹果、番茄等任何包含种子的植物部位。从科学意义上讲，黄瓜、胡椒、南瓜、牛油果都属于水果。
然而，蔬菜的定义要模糊得多。通常，我们用这个词指代一大批具有可食草本部分(如根、茎、叶)的植物。根据韦氏词典，蔬菜和水果的关键区别是：蔬菜必须是植物的一部分或整体植物本身，而水果只是特定植物传播种子的方式。番茄不是植物本身的一部分，就像蛋不是鸡本身的一部分；同理，苹果也不是苹果树的一部分。
但问题在于：“蔬菜”不是一种植物学分类，而更多的属于一种烹饪食材。与此同时，“水果”也可以是一种烹饪食材。根据韦氏词典：从烹饪食材的角度，水果被定义为“拥有带种子的甜果肉”、“主要用于甜点”的东西。也就是说，从科学角度看，水果不必是甜的；但从烹饪角度看，大多数人会将用于做菜的水果(如番茄)归类为蔬菜。
在美国农业部(USDA)的指导方针里，番茄被列为蔬菜。甚至连美国最高法院都曾介入过这个问题。1893年，最高法院作出裁决，进口番茄应该按蔬菜进行征税。法官Horace Gray作出简单总结：
从植物学上讲，番茄是藤本植物的水果，就像黄瓜、南瓜、豌豆、蚕豆一样。但在人们的日常语言中，这些都是种在菜园里的蔬菜。它像土豆、萝卜、欧洲萝卜、芜菁、甜菜、菜花、卷心菜、芹菜、生菜一样，无论生吃还是熟吃，通常都是在晚餐里搭配着汤、鱼、肉一起吃。它构成饮食的主要部分，而不像水果一样，通常作为甜点。
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