农村信用社设置转账限额的方式主要有两种：一种是通过网上银行或手机银行进行设置，另一种是直接前往农村信用社柜台办理。
对于网上银行或手机银行的设置方式，首先，需要登录农村信用社的网上银行或手机银行平台，然后在转账功能中选择“转账限额设置”功能，根据提示输入相应的信息和验证码，最后确认提交即可完成转账限额的设置。值得注意的是，为了保障账户安全，在进行转账限额设置时，需要进行身份认证和短信验证等操作。
对于前往农村信用社柜台办理的方式，需要携带本人有效身份证件和银行卡，向柜员说明需要设置转账限额的需求，然后提供相关的身份信息和交易信息，最后由柜员协助完成转账限额的设置。
转账限额的设置可以有效保障账户资金和交易安全，避免不必要的经济损失。同时，根据不同的需求和情况，可以灵活设置不同的转账限额，以满足不同用户的实际需求。例如，对于一些高频次、低金额的交易，可以适当调低转账限额，以保障账户安全；对于一些低频次、高金额的交易，可以适当调高转账限额，以提高交易效率。
总之，农村信用社设置转账限额的方式比较灵活多样，用户可以根据自己的需求和实际情况进行选择和操作。同时，在进行转账限额设置时，也需要注意保障账户安全和交易信息的准确性。