药物效应个体差异主要影响因素是遗传因素：
个体差异可因个体的先天（遗传性）或后天（获得性）因素对药物的药效学发生质或量的改变。产生个体差异的原因是广泛而复杂的，主要是药物在体内的过程存在差异，相同剂量的药物在不同个体内的血药浓度不同，以致作用强度和持续时间有很大差异。故临床上对作用强、安全范围小的药物，应根据病人情况及时调整剂量，实施给药方案个体化。
药物效应个体差异的影响因素：
遗传因素：
如个别人红细胞内磷酸已糖旁旁路的遗传缺陷可导致多种酶的缺乏，最终的是葡萄糖-6-磷酸脱氢酶的缺乏，如果服用氯喹、阿司匹林、磺胺类、呋喃类抗生素等药物，易造成溶血性贫血。
病理因素：
如洋地黄对于有水肿的心脏病人有利尿作用，单对无水肿的病人就不能增加尿量。解热药对发热病人固然有效，对正常人无降低体温的作用。
药理因素：
如有些药重复给药，可产生耐受性，使药效降低。例如反复给予麻黄素，其平喘作用明显减弱。两种以上药物同时应用或先后应用，也会产生一定的相互影响，例如心得安与硝酸甘油合用，或巴比妥与氨基比林合用，可使疗效提高。