“天京变乱”使太平天国革命事业遭到了严重挫折。在“朝无佐政之将”的情况下，洪秀全重建新的领导核心。1857年10月，李秀成被升为副掌率，提兵符令，进入了领导核心。但这时的洪秀全，“不肯信外臣”而“专信同姓”。李秀成极力劝告洪秀全，要“择才而用，定制恤民，申严法令，肃正朝纲，明正赏罚……。”李秀成的犯颜直谏，惹恼了洪秀全，将李秀成一度罢官，经过李秀成和在朝文武的据理力争，才又恢复了李秀成的职务。1858年，洪秀全恢复前期五军主将制，李秀成为后军主将。同年，清军进逼天京，洪秀全任命李秀成主持天京解围的战斗。8月，他约集太平军各地守将在安徽枞阳召开军事联席会议，共同研究解除京围的作战方案。会后，陈玉成东进破庐州、克滁州。李秀成在滁州东南乌衣与陈玉成合兵击败清军主力德兴阿、胜保部。紧接着奔袭浦口，摧毁江北大营，敌都统德兴阿部被歼一万多人。
正当陈玉成和李秀成乘胜扫荡苏北战场时，湘军首领曾国藩在安徽发动大规模进攻。李秀成配合陈玉成取得三河大捷，歼敌李续宾部六千人，沉重打击了湘军的气焰，稳住了长江上游的局势。 太平军采用“围魏救赵”的战略围歼清军江南大营。李秀成奉命率精兵从浦口出发奇袭杭州。他对部下说：“官军精锐，悉萃金陵，其饷源在苏、杭。今金陵城外长壕已成，官军内围外御，……攻之难得志，不如轻兵从间道疾捣杭州，杭州危，苏州亦必震动，金陵大营惧我绝其饷源，必分师奔命以救之。我见大营虚弱，还军急击，踏破大营，则苏杭皆我有也。”李秀成在进军杭州，攻占安吉、长兴后，突然兵临杭州城下，吓得杭州官绅惊慌失措，守城无策。3月19日，李秀成攻占杭州。江南大营统帅和春果然中计，忙派总兵张玉良统兵一万三千余人援救杭州。清军于23日赶到杭州城下，第二天，太平军迅速回师，各路大军分进合击江南大营。天京城内太平军也分头出击，连抛火罐，敌营“火药轰处，人声鼎沸，登时大乱。”在太平军内外夹击下，连破清营五十余座，数万清兵全部溃散。和春等清营大员“不及衣履，仓皇奔镇江”，“京围立解”。
第二次攻破江南大营之后，1860年5月，洪秀全在天京召开了高级将领会议。在李秀成的积极支持下，会议采纳了洪仁玕提出的东下苏杭，先夺取江南富庶地区，尔后西上奔袭武汉的战略计划。担任东征主将的李秀成率兵攻丹阳，占常州，进无锡，克苏州。太平军在苏常战场取得节节胜利的时候，湘军乘机掘了三道长壕加紧围攻安庆。 李秀成被俘后，被人送至曾国荃的清军兵营。因为自己的亲兄弟曾国华在与李秀成作战时，战死在三河镇，故而对其痛恨有加。曾国荃动用割其臂股肉的残酷刑罚，李秀成痛楚斥他：“两军对战，各忠其主，当有损伤，何如此？”，英雄之气丝毫未减。
此后李秀成在狱中写下数万字的自述，全书无结尾。自述原稿卷末第74页以后的内容部份被撕去，有传言谓他在被囚期间曾经游说曾国藩反清自立但未遂。据太平天国史专家罗尔纲考证，曾国藩为了邀功曾夸大和扭曲了很多史实，因害怕清政府的审讯而不等指示，擅自将李秀成杀害。李秀成的自述也在上报朝廷时，经过了曾国藩的删减，原稿被曾国藩送至家乡秘藏。1864年8月7日，李秀成在南京江宁就义，终年42岁。在临刑前，李秀成毫无戚容，谈笑自若，并写有十句绝命诗叙其尽忠之意。李鸿章在写给曾国藩的信中，曾表示在阅览完《李秀成自述》后，也感动赞誉李秀成是“英雄人物”。 ⊙1823年（清道光三年）李秀成生于广西藤县大黎新旺村。
⊙1849年 李秀成全家加入拜上帝会。
⊙185l年1月11日金田起义胜利，建号太平天国。
⊙1851年(清咸丰元年)8月太平军路过藤县，李秀成入伍。
⊙ 1853年3月19日太平军攻占南京，改称天京。
⊙ 李秀成在春官正丞相胡以晃手下理事。
⊙7月 被保举为右后四军帅，把守天京太平门外新营。
⊙8月 调任后四监军，在天京仪凤门外高桥驻守。
⊙9月 随翼王石达开到安徽安庆巡视民务。
⊙1854年春 太平军克复庐州，李秀成奉命镇守，升二十指挥。
⊙1854年秋至1855年 驻守安徽太平府、和州一带。
⊙1856年2月 奉调随燕王秦日纲解救天京，8月打破清军阻击，进入镇江城。
⊙4月 参加一破江北大营之役。
⊙6月 参加一破江南大营之役。
⊙9月 天京内讧，东王杨秀清被杀。
⊙冬 困守安徽桐城。
⊙1857年1—2月 会合前来救援的陈玉成部，大破桐城围敌，连克舒城、六安、霍邱；与张洛行部捻军联合。
⊙夏 受洪秀全封为副掌率，“提兵符之令”。
⊙ 11—12月奉命率部东返，接应吴如孝部撤出镇江。
⊙ 1858年4—6月奏准出京调度军务，占领滁州，在江浦大刘村被清军打败。
⊙ 7—8月召集枞阳会议，确定解救天京方略。受封为后军主将。
⊙9—10月 会同陈玉成部再破江北大营并占领扬州。
⊙11月 配合陈玉成部围歼湘军李续宾部于三河镇并乘胜连克舒城、桐城、潜山、太湖。
⊙1859年 以滁州守将李昭寿、江浦守将薛之元先后降清，天京北路又困，与陈玉成部转战江浦、浦口一带。
⊙冬 晋封忠王。
⊙1860年初 商定以“围魏救赵”方略解救天京之围。
⊙2月 在芜湖召集诸将，誓师进军。
⊙3月19日 率所部攻破浙江杭州，并于6天后疾驰北返。
⊙4月8日 于安徽建平召集各路将领，商定回救天京的作战计划。
⊙5月6日 再次攻破江南大营。
⊙5—6月 率部东征苏州、常州，开疆拓土，建立苏福省。
⊙7—8月 第一次进军上海。
⊙10月 自天京出发，走商路，参加第二次西征。
⊙1861年6—7月 进抵湖北南部武昌外围，因江北陈玉成部回救安庆，遂放弃“合取湖北”计划，取道原路东返。
⊙8月 5日安庆失守。
⊙ 9一12月进军浙江，并于12月29日再克杭州。
⊙ 1862年(清同治元年)1月率大军自杭州出发，开始第二次进攻上海。
⊙ 6月以湘军进扎天京雨花台外，天王洪秀全下诏回救，自松江撤兵回苏州商讨对策。
⊙10月 率“十三王”之兵回救天京，与湘军苦战45日，未能取胜而退。
⊙1863年2—5月 率部遂行“进北攻南”计划，至安徽六安折返。
⊙6月 自江北南渡时，遭湘军水陆师合击，太平军被击毙饿毙不计其数。
⊙9一12月 组织指挥苏州保卫战。12月4日，苏州失守，返回天京。
⊙12月 向洪秀全提出“让城别走”建议，被拒绝。
⊙1864年3月2日 湘军合围天京。李秀成负责全城防守事宜。
⊙6月1日 洪秀全病逝。6日，幼主洪天贵福即位。
⊙7月19日 天京陷落。当晚，扶幼主突围出天京，不久离散。
⊙22日 在方山被俘。不久，被囚入木笼，连日赶写《自述》。
⊙8月7日 在南京就义。
