东莞松山湖中心小学前身是2006年创办的东莞中学松山湖学校小学部。东莞中学创建于1902年,历经几代人坚持不懈地努力传承与创新,东莞中学已经成为一所具有深厚历史文化积淀的百年老校。一百多年来,东莞中学为国家为社会造就了大批优秀之才,爱国将领蒋光鼐、学者容庚、工程院院士毛炳权和何镜堂、新浪网首任总裁王志东等均曾在莞中就读。东莞中学1992年被编入由国家教委编辑的《中国名校——中学卷》,1994年被评为广东省一级学校,2008年被评为广东省国家级示范性普通高中。
2009年,东莞松山湖中心小学搬迁至现校址独立建校,继续秉承东莞中学办学理念,坚持走内涵式发展道路,开始步入快速发展时期,学校逐步迈向卓越。
2010年,东莞松山湖中心小学抽调干部教师创办东莞松山湖实验小学。