副连长不是指导员。指导员是正连级，和连长平级。副连长是负责后勤方面的管理工作。
指导员，政治指导员的简称。是指解放军连级单位以及武警部队中队的政工干部，是和连长、中队长平级的首长。解放军实行的是“党指挥枪”原则（党对军队绝对领导），指导员一般担任连队的党支部书记，连长、中队长为党支部副书记。
《中国人民解放军内务条令》明确规定：
第四十七条 副连长职责
副连长隶属于连长和政治指导员，协助连长工作；在连长临时离开工作岗位时，根据上级或者连长的指定代行连长职责。
一般来说，目前在基层连队，副连长经常是负责后勤方面的管理工作，例如，指导炊事班工作，抓好农业生产等。