神经型食物中毒的临床表现与毒素摄入量和个体差异有关。潜伏期一般在12至36小时，最短2至6小时，最长可达8至10天，潜伏期越短，病情可能越严重，但也有潜伏期长的病例发展为重型或从轻型开始后加重。
症状轻重不一，轻者仅感轻微不适，无需治疗，但严重者可在24小时内导致死亡。初期症状包括恶心、呕吐，B型和E型毒素比A型更常见，随后出现头晕、头痛、乏力、视力模糊、复视等症状。当胆碱能神经受影响，会出现便秘、尿潴留和唾液、泪液分泌减少等症状。
体检时，可能发现患者精神紧张、上眼睑下垂、眼肌无力、眼球运动受限，瞳孔可能不对称且光反应变慢。重症患者可能出现脑神经损害，如咀嚼、吞咽、语言和呼吸困难，四肢肌肉也会出现弛缓性轻瘫，腱反射可能减弱或消失，但一般无病理反射，肢体瘫痪少见。体温正常，除非合并感染。病情发展迅速，可能并发呼吸衰竭、心力衰竭或肺部感染，若救治不及时，可在2至3天内死亡。进入稳定期后，患者通常在6至10天内开始恢复，视力恢复较慢，可能需要数月时间。对于婴儿，特别是混合喂养或母乳喂养的，症状包括便秘、拒奶、全身软弱、哭声低沉和颈部无力，严重者可因呼吸麻痹死亡，轻者可能仅有腹胀或乏力，需警惕漏诊。
创伤性肉毒中毒的潜伏期约为10至14天，症状与食物中毒类似，但缺乏胃肠道症状，可能伴随发热和毒血症表现。
神经型食物中毒特指肉毒中毒，是由于进食含肉毒梭菌外毒素的食物而引起的急性中毒疾病。临床上以神经系统症状为主要表现，临床表现轻重不一，轻者仅轻微不适，无需治疗，重者可于24h 内致死。起病急骤，早期有恶心、呕吐等症状，继之出现头昏、头痛、全身乏力、视力模糊、复视等。如求救不及，病死率较高。本病于1793年在德国南部Wildbad首次发现，因患者进食变质腊肠后而致病，取名为肉毒中毒。男女老幼对本病均有易感性，病后无持久免疫力。