根据上述职责，市政府办公厅内设16个职能科室。
（一）秘书科
负责政府、政府办公厅各类文电的运转、各类文字材料的印制、印鉴管理、文书档案、机要保密等工作；负责政府、政府办公厅各类文件格式的审核把关；办理各旗县市区、市直各单位请示报告文件和自治区政府及各部门文电；负责政府领导同志公务活动的安排；负责机关内勤工作；办理秘书长（办公厅主任）、副秘书长和办公厅副主任交办的有关事宜。
（二）综合一科
及时了解掌握上级方针、政策以及市委、政府重大战略决策、决定的贯彻落实情况；负责政府主要领导同志在各类会议上的讲话、有关文件材料的起草工作；围绕中心工作搞好重大课题的调查研究，综合信息、资料的搜集、整理、储存、利用和管理工作，负责政府常务会议的记录及纪要的草拟等工作。
（三）综合二科（经济类）
协助分管经济工作的各副市长、对应副秘书长工作。收集掌握全市经济战线的活动情况；负责各分管经济工作副市长的讲话、有关文件材料的起草工作；开展相关的调查研究、信息反馈；协助会议科组织好有关副市长主持召开的各类会议，并负责各类会议形成决定的督促落实反馈；承担分管领导同志交办的其他工作。
（四）综合三科（社会事业类）
协助分管社会事业类的各副市长、对应副秘书长工作。收集掌握全市社会事业工作的进展情况；负责各分管社会事业工作副市长的讲话、有关文件材料的起草工作；开展相关的调查研究、信息反馈；协助会议科组织好有关副市长主持召开的各类会议，并负责各类会议形成决定的督促落实反馈；承担分管领导同志交办的其他工作。
（五）人事科
负责办公厅机构编制、人事、劳资、年度考核、干部教育培训、职称、纪检、计划生育等工作；承办办公厅的党务和离退休人员工作。
（六）督查室
督查政府重要文件、政府常务会议、市长办公会议议定事项及政府领导有关指示的贯彻落实情况；承办自治区政府交办的督查事项；指导全市政府系统督查工作；办理人大代表建议、政协委员提案的答复工作，指导全市提案办理工作；承担政府领导同志及办公厅交办的其他工作.
（七）信息科
负责全市政务信息的收集、整理、采编、传输、反馈以及信息调研工作；组织指导全市政府系统信息化建设工作以及信息设备的管理、维护。
（八）政务公开办
在市政务公开领导小组和市政府办公厅领导下，负责全市政务公开工作的具体组织协调，监督检查、业务指导、培训宣传、考核评比工作。负责《中华人民共和国政府信息公开条例》贯彻落实工作。负责政府门户网站《市长信箱》办理工作，受理群众的举报投诉，及时处理投诉问题，适时告知处理结果。
(九)会议科
负责市政府各类会议通知的下发、会场布置等各项会务组织服务工作；负责政府办公厅有关会议的会务服务工作和重要政务活动的协调服务工作；负责重要会议期间与公安、交通警察联络协调工作；
（十）应急办
负责政府办公厅政务值班工作和与自治区人民政府办公厅值班信息管理系统保持24小时联络畅通；负责接收7小时工作日以外的电传件和电话请示等内容；负责联系各旗县市区人民政府、市政府各部门政务值班室，检查指导其值班工作和节假日的值班安排；负责组织编制、修订市政府突发公共事件总体应急预案， 审核有关部门编制的各专项应急预案和应急保障预案、部门应急预案，组织、指导应急预案体系和应急体制、机制、法制建设。 协助市政府领导处置突发公共事件，组织、协调和指导重大和较大突发公共事件的预防预警、应急演练、应急处置、调查评估、信息发布、应急保障和抢险救援等工作。
（十一）编译科
负责市委、政府有关公文的蒙译、打印以及会议的口译工作；开展蒙文翻译学术研究；指导各旗县市区及市直各单位蒙文翻译工作。
（十二）外事科
贯彻执行我国的对外方针政策、涉外法规、自治区党委和政府以及市委、市政府关于外事工作的指示决定；提出制订全市外事工作的规章制度和工作规划的建议，检查市有关部门和单位贯彻执行对外方针政策和涉外法规的情况，协调全市重大外事工作和涉外活动，负责处理或协助处理全市重大的涉外事务；围绕全市经济建设和对外开放进行外事调查研究，为市委和政府的对外工作决策提供意见和建议，利用对外交往渠道，为全市的经济和社会发展服务；审核全市各部门、各单位报请自治区党委、政府审批的外事文件，承办、上报、审批各类出国人员有关手续；管理全市与外国友好城市、友好地区以及其他结好单位的交往活动，办理对外结好的报批手续。指导全市民间的对外交往工作；会同有关部门管理全市边界事务、边境地区和口岸的外事业务和涉外事宜，指导并参与边防会谈、会晤工作；管理和统筹协调全市侨务工作，保护归侨、侨眷和华侨的合法权益；办理上级有关部门交办的事项。
（十三）车编办
负责政府各种会议经费使用及接待安排等工作；管理全市各单位机动车辆编制，指导旗县市区车编工作。
（十四）行政科
负责政府办公厅各项经费的预算、支出、安排；负责机关固定资产、办公用品及其它公用设施的管理、调整、分配；
（十五）财务科
研究拟定办公厅及所属机关事务管理局、信访办、信息中心（信息办）、法制办、地方志编撰办公室等处级单位财务管理工作的规章制度及组织实施;编制办公厅及所属处级单位经费预算方案及审查决算方案；负责办公厅及所属处级单位行政包干经费的计划、申请、使用、报销，编制各类财务报表；负责办公厅及所属处级单位干部职工的医疗保险、养老保险、住房公积金等收缴工作。
（十六）车管科
负责机关车辆管理、维修、保养和安全使用等工作。
机关党委，负责市政府办公厅机关及所属单位的党群、机关理论学习。
