这三种病有许多相似处，特别是病害一般首先发生于植株的基部，植株出现萎蔫症状又与青枯病、枯萎病相似，有时确实难以区别，从而影响对病害的防治。实际上，这三种病各有其特殊性，牢记以下特点，即可正确区分。
（1）根腐病：在成株期发生，发病部位仅局限于根茎及根部；枝叶萎蔫，但叶片不脱落；根茎部及根部皮层呈水渍状、褐腐，植株很容易拔起，仅剩少数粗根；维管束变褐色，但不向茎上部延伸（这与青枯病、枯萎病不同）。
（2）茎基腐病：仅危害茎基部，结果期发病；茎基部皮层发病初期，外部无明显病变，茎基部以上叶片呈全株性萎蔫状，叶色变淡；后茎基部皮层逐渐变淡褐色至黑褐色，绕茎基部一圈，病部失水变干缩；纵剖病茎基部，木质部（茎中心）变暗，维管束（茎外围）不变色；横切病茎基部经保湿后无乳白色黏液溢出；皮层不易剥离；根部及根系不腐烂。
（3）疫病：在苗期、成株期均可发生。成株期发病，以根、茎受害较多；根部受害呈褐色长斑，病斑长3～5厘米；病健交界明显，病斑凹陷或稍缢缩，后引起整株枯萎死亡。茎多在近地面及分杈处发病，初呈暗绿色水渍状病斑，后病部缢缩渐变为黑褐色，并引起病部以上茎叶枯萎死亡。果实、叶片也可以发病，叶片发病初为暗绿色水渍状近圆形病斑，后扩展成不规则的黑斑，叶片软腐易脱落（即所谓的“落叶瘟”）；果实发病，病斑初为水渍状暗绿色，后灰白色软腐，有时有深褐色同心轮纹，病果可干缩而不脱落，潮湿天气病果上可产生稀疏白色霉层。