1：地理位置的区别
温州站：位于温州市鹿城区温州大道。是浙江金温铁道开发有限公司直属的“金温铁路”上的一等客运站，于1998年正式建成投入使用，是温州市交通行业最大的“窗口”单位之一。
温州南站：位于浙江省温州市瓯海区瓯海大道，为隶属于中国铁路上海局集团有限公司宁波车务段的客运一等站，是甬台温铁路、温福铁路和金温铁路的交汇接轨车站。
2：建站规模的区别
温州站：车站占地面积15万平方米，主站房建筑面积3.6万平方米 ，拥有近6.5万平方米的站前广场。
温州南站：截至2012年，温州南站总用地面积190368平方米，其中站房面积71209平方米，第一候车室面积为1.1万平方米，第二候车室占地约4200平方米（2016年5月数据）。温州南站拥有天桥1座，地道1座，其中天桥宽15米，采用通透式玻璃墙和顶棚；雨棚采用无柱雨棚。
3：开行路线的区别
温州站：1998年6月开站以来，每日开行从温州到成都东站、哈尔滨、北京、广州、汉口、贵阳站、南昌、南京站、阜阳、镇江、亳州、上海、杭州、金华等地16对列车，2016年5月16日起，温州火车站新开通一对温州至青岛的快速旅客列车
温州南站：截至2018年12月，温州南站站台规模为4台10线，途经线路为甬台温铁路、温福铁路和金温铁路。
参考资料来源：百度百科_温州站
参考资料来源：百度百科_温州南站
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