如果分公司是独立核算的，分公司完全可以是小规模纳税人，完全可以与总公司不一致。
营改增后的小规模纳税人认定标准
《关于北京等8省市营业税改征增值税试点增值税一般纳税人资格认定有关事项的公告》国家税务总局公告2012年第38号规定:试点实施前应税服务年销售额未超过500万元的试点纳税人，可以向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。
《关于营改增一般纳税人资格认定及相关事项的通知》(深国税函〔2012〕227号)规定:应税服务年销售额未超过500万元以及新开业的纳税人，符合条件的可于2012年10月22日前向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。申请人应提供的资料如下:
1、《增值税一般纳税人资格通用申请书》；
2、《税务登记证》副本；
3、财务负责人和办税人员的身份证明及其复印件；
4、会计人员的从业资格证明或者与中介机构签订的代理记账协议及其复印件；
5、经营场所产权证明或者租赁协议，或者其他可使用场地证明及其复印件；
6、国家税务总局规定的其他有关资料。
扩展资料：
1、应纳税额
小规模纳税人销售货物或者应税劳务，实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法，并不得抵扣进项税额。其应纳税额计算方式为：应纳税额=销售额×征收率
由于小规模纳税人在销售货物或应税劳务时，一般只能开具普通发票，取得的销售收入均为含税销售额。所以在计算应纳税额时，必须将含税销售额换算为不含税的销售额后才能计算应纳税额。
小规模纳税人销售货物或应税劳务采用销售额和应纳税额合并定价方法的，按下列公式计算销售额：销售额=含税销售额/(1+征收率)
2、开具发票
小规模纳税人一般只能开具普通发票，不可以开具增值税专用发票。但如果小规模纳税人向一般纳税人销售货物或应税劳务，购货方要求销货方提供增值税专用发票时，税务机关可以为其代开增值税专用发票。
3、税额减征
2019年，从海南省财政厅获悉，海南对增值税小规模纳税人8种税费按50%税额幅度减征。
海南省财政厅等部门印发的《关于增值税小规模纳税人按50%幅度减征相关税费的通知》表明，海南对增值税小规模纳税人按50%的税额幅度减征资源税、城市维护建设税、房产税；
城镇土地使用税、印花税(不含证券交易印花税)、耕地占用税和教育费附加、地方教育附加。按照规定，这个通知执行期限为2019年1月1日至2021年12月31日。
参考资料来源：百度百科-小规模纳税人
1. 总分公司汇总纳税：如果总分公司经批准后在总机构所在地主管税务机关申报纳税，此时总分公司属于同一纳税人。如果总分公司在过去连续12个月的经营期内累计应交增值税销售额超过小规模纳税人标准，或虽然未超过小规模纳税人标准但总公司主动向主管税务机关申请成为一般纳税人的，分公司也要按增值税一般纳税人缴纳增值税。
2. 总分公司分别纳税：如果总分公司分别向各自所在地主管税务机关申报纳税，则总公司和分公司不属于增值税的同一纳税人，而是两个不同的纳税人。在这种情况下，要分别考虑。如果总公司和分公司都没有主动申请成为增值税一般纳税人，看总公司和分公司过去连续12个月的经营期内累计应交增值税销售额是否超过小规模纳税人标准。如果分公司没有超过，那就可以是小规模纳税人。