南京地铁是可以使用支付宝的，不过需要先在支付宝上面开通乘车码，具体操作的步骤如下：
1、打开手机上的支付宝软件，进入到首页面后，再去选择出行。
2、进入出行页面后，需要选择左上角位置的城市，直接选择南京。如果手机上有开通位置功能，系统就会自动定位。
3、当定位完成后，在页面上就可以看到地铁、公交等，直接选择地铁。
4、再去卡片下方位置选择前往领取，然后根据具体的要求选择协议，再去选择同意协议并领卡。
5、接下来还要输入支付密码，身份验证成功后，再去点击立即使用，此时就可以看到已经生成好的地铁乘车二维码。
目前在南京乘坐地铁出行，还可以使用小蓝卡的。乘客在使用之前，需要先把自己手机里面的sim卡先去升级成为小蓝卡，然后就可以直接通过手机刷卡的方式，顺利乘坐地铁、公交等交通工具出行。
手机sim卡升级小蓝卡的流程如下：
1、先打开手机应用商场下载蓝小宝app安装完成，然后再去打开手机上的设备设置。
2、搜索nfc之后，再去选择sim卡或者蓝小宝，之后再去利用蓝小宝app对公交卡进行充值。
3、目前支持的支付方式还是挺多的，比如微信或者支付宝等。等到充值完成后，只要把手机跟刷卡机靠近，就可以顺利乘坐地铁出行。