经查，马忠玉违反中央八项规定精神，违规收受礼金、消费卡，接受可能影响公正执行公务的宴请，借出差、公务出国之机公款旅游，公款报销个人探亲费用；违反组织纪律，不如实报告个人有关事项，不按要求报告个人去向；违反廉洁纪律，借用管理和服务对象巨额钱款，违规持有非上市公司股份并获利；违反工作纪律，私自留存涉密材料。利用职务便利为有关企业谋取利益并收受巨额财物，涉嫌受贿犯罪。
马忠玉身为员领导干部，丧失理想信念，目无纪国法，且在的十九大后仍不收敛、不收手、不知止，严重违反的纪律，构成职务违法并涉嫌职务犯罪，应予严肃处理。依据《中国共产纪律处分条例》《中华人民共和国监察法》等有关规定，经国家发展改革委组研究决定，给予马忠玉开除籍处分；经中央纪委国家监委驻国家发展改革委纪检监察组研究决定，给予马忠玉开除公职处分；收缴其违纪违法所得；将其涉嫌犯罪问题移送检察机关依法审查起诉，所涉财物随案移送。
据办案人员介绍，2017年至2019年间，马忠玉违反国家发展改革委离京报备规定，18次未经批准擅自离京，事后也未按规定报告。2016年至2018年，国家发展改革委办公厅先后3次发文规范离京报告制度，明确规定司局级负责同志离京需填写离京报告表，未经批准不得离京。马忠玉18次擅自离京，其中因公离京11次，主要是参加有关会议、论坛等活动；因私离京7次，主要是探亲或休假。
“游必有方”，如果领导干部特别是高级干部要是连这一条都做不到，往往是出问题的前兆。首先是纪律规矩意识淡漠，不把制度规定当回事。其次是知道自身行为已经欠妥，不敢报告或者不如实报告。分析近年来媒体曝光的典型案例不难发现，不如实向组织报告个人去向，很可能是“做贼心虚”，隐藏着大问题而不敢汇报。齐齐哈尔市委原常委、组织部长胡福不按规定报告个人去向达到“长期隐匿行踪，脱离组织”的程度，而背后是权色交易、钱色交易。在马忠玉案件中，其参加的有些会议、论坛等活动与国家信息中心本职工作关系不大，有一定“站台”“捧场”性质，且可以领取金额不等的“专家费”“讲课费”。更恶劣的是，马忠玉参加这些活动期间，存在违规收受礼金、借机公款旅游等违纪违法行为;其因私离京，还存在公款报销个人探亲费用等违纪违法行为。办案人员介绍，马忠玉热衷于参加此类活动，但又担心过于频繁引起领导关注，便有意无意地“忘记”填写离京报告表。
能否按要求报告个人去向，是检验员干部能否对忠诚老实、能否守纪律讲规矩以及组织观念强不强、组织纪律严不严的一块试金石。对于这个问题，必须严肃对待。《关于新形势下党内政治生活的若干准则》强调，“离开岗位或工作所在地要事先向组织请示报告。对无正当理由不按时报告、不如实报告或隐瞒不报的，要严肃处理。”《中国共产党纪律处分条例》第七十三条规定，对于“不按要求报告或者不如实报告个人去向的”，情节较重的，给予警告或者严重警告处分。
如实报告个人去向，遵守请示报告制度，本质上要求对忠诚，说老实话、办老实事、做老实人。员干部要时刻牢记自己是组织的一员，自觉接受组织安排和纪律约束。组织要对员干部执行请示报告制度情况加强监督检查，发现问题及时纠正、严肃处理。