云南师范大学有26个一级学科硕士点，130个二级学科硕士点，有教育硕士、工商管理硕士（MBA）等10个专业硕士学位授权点，是全国首批招收和培养汉语国际教育硕士专业学位研究生的24所试点高校之一。
云南师范大学硕士点有：哲学、应用经济学、社会学、教育学、心理学、体育学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、数学、物理学、化学、天文学、地理学、生物学、生态学、统计学、光学工程、计算机科学与技术、农业工程、软件工程、艺术学理论、音乐与舞蹈学、戏剧与影视学、美术学、设计学、新闻传播学、公共管理等。
云南师范大学地理学一级学科硕士点
（一）自然地理学
自然地理学专业，主要瞄准地理学国际学术前沿，秉承教学与科研并举的方针，在综合自然地理、第四纪地质、湖泊环境与全球变化、区域生态与景观规划、喀斯特环境与水资源、资源开发与利用、地面过程与地貌模拟等多个领域，系统研究地球表层自然景观及其组成要素的特性、形成过程、动态变化和空间变异。
（二）人文地理学
人文地理学专业，主要面向区域社会文化经济建设需求，研究各种人文现象的地理分布、扩散和变化过程，以及人类活动的地域结构的形成和发展规律。在区域经济开发与管理、民族文化地理与文化产业发展、区域旅游与人居环境建设人口与人力资源开发、区域分析与规划等研究领域，为地方社会文化经济建设提供科学依据与治理策略。
（三）地图学与地理信息系统
地图学与地理信息系统方向，主要面向国家和地方经济建设和社会发展的重大需求，利用地理科学、测绘技术、遥感技术、计算机技术以及空间技术等来研究包括地理空间认知规律、地理信息的获取、建模、加工、处理、表达以及综合分析和模拟地理现象及地理过程等。为地理学及相关学科的研究提供先进的方法论和技术，为资源与环境管理及决策提供技术支撑。
（四）边疆地理学
边疆地理学专业研究方向，基于云南独特区位条件及独特多样的地理环境，主动服务于国家“一带一路”倡议，适应云南省建成面向南亚东南亚辐射中心、民族团结进步示范区的战略需求，开展地缘环境与边疆安全、边疆民族地理、南亚东南亚国别研究，为国家地缘环境与边疆安全建设、边疆区域社会经济发展提供科学决策支持。
（五）山地环境与自然灾害
山地环境与自然灾害专业研究方向，基于西南山地脆弱生态环境，开展山地自然灾害发生与过程机理、预警与防治技术方法研究。具体研究领域有山地环境与自然灾害、自然文化景观与遗产保护、高原湖泊沉积与全球变化、湖泊污染与生态修复等，为中国西南山地生态建设和灾害防治提供支持。