一、注意区分“不征税收入”和“免税收入”的不同性质。一是不征税收入是指专门从事特定目的从政府部门取得的收入，不属于营利性活动带来的经济利益，是法律上规定不予征收的项目。免税收入是纳税人应税收入的重要组成部分，实质是国家对纳税人的一种税收饶让政策。两者从根源和性质上存在差异;二是不征税收入对应的支出不得税前扣除应进行纳税调整;免税收入对应的支出准予税前扣除。
二、不征税收入用于支出形成的费用和不得税前扣除资产的折旧或摊销额，应在纳税申报表的不同行次分别做纳税调增处理。一是用于支出形成的费用填报《a105000纳税调整明细表》第24行“不征税收入用于支出所形成的费用”中第3列作纳税调增;二是用于支出形成的资产填报《a105000纳税调整明细表》第31行中第3列做纳税调增。
三、政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产。《企业会计准则第16号——政府补助》将政府补助收入划分为与资产相关的政府补助和与收益相关的政府补助。其中与资产相关的政府补助，应当确认为递延收益，并在相关资产使用寿命内平均分配，计入当期损益。
税收政策对符合“由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准”等条件的政府补助收入可以作为不征税收入进行纳税调减;不符合条件的政府补助收入作为应税收入全额计征所得税。需要注意：计征与资产相关的政府补助收入的纳税处理，一是在取得收入的年度对递延以后年度确认收入部分进行纳税调整;二是将递延收益结转收入年度作纳税调减处理。
四、不征税收入的一些特殊规定
1、《财政部、国家税务总局关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》(财税〔2012〕27号)明确规定，符合条件的软件企业取得的即征即退增值税款，由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独核算，可以作为不征税收入处理。
目前的税收法规中规定了多项增值税退税政策包括了软件企业退税、模具，数控机床，铸锻件退税、宣传文化事业退税、核电退税、福利企业退税、再生资源退税、物资回收企业退税等多项增值税退税情形，而财税〔2012〕27号文件仅明确了软件企业即征即退增值税款属于不征税收入。同时企业取得的上述多项增值税退税也不能按免税收入处理。
2、《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》(国家税务总局公告2014年第29号)中明确规定，县级以上人民政府及其有关部门将国有资产无偿划入企业，凡划出单位或业务监管部门指定了专门用途，且企业已按《财政部、国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税〔2011〕70号)规定进行了管理，可以作为不征税收入处理。