内地的关闸对港澳都是没有影响的，一律可以走自助通道。出境大陆之后，澳门允许第一次自助通关继续使用自助通关通道，但是香港方面规定，第一次使用自助通关的朋友，出境大陆后进入香港关口必须通过人工通道进入香港，然后以后的第二次、第三次等进入香港后，都可以走自助通道。
《电子往来港澳通行证》自助通关温馨提示：（1）对于内地口岸，7周岁以上（含）都可以使用自助通关，但下列情况除外：从同时通航港澳的空港或海港口岸出境的，暂不可以使用自助通道；持团队游签注的须团进团出也不能使用自助通关。
（2）香港口岸。通行证持有人（包括重新申领）首次到香港的，须经人工通道通关。此后，16周岁以上（含）的持证人，都可以使用自助通关。但持逗留签注的赴香港暂住人员不能使用自助通关（备注：学生或劳务的只能经人工通道通关；以受养人、受训人员身份，或经输入内地人才计划、优秀人才入境计划及非本地毕业生留港/回港就业安排获准在港暂住人员首次入境香港须经人工通道通关，此后可凭香港身份证使用自助通关）。