1、指向不同
工程师指具有从事工程系统操作、设计、管理、评估能力的人员。工程师的称谓，通常只用于在工程学其中一个范畴持有专业性学位或相等工作经验的人士。
专员，一个岗位名称，它指负责专项业务工作的人员，它与职员区别在于专门负责某一类工作，不一定必须设立，通常晋升路径：助理——专员——主管——经理——总监。它也可指专区的主要行政官员，由省、自治区人民政府委派。
2、作用不同
工程师负责项目工程建设的总体控制、质量、进度、工程造价控制和技术管理等建设管理工作。
负责根据项目的总体管理目标编制项目建设的总体实施计划、年度和分月度的实施计划；下达项目的建设实施计划，并对实施中的项目计划进行统计分析和计划调整等综合管理。
专员是企业中任职资格的一阶，按照明确的作业流程和岗位职责来工作，工作多为例行性或辅助性工作。
3、条件不同
担任工程师职务，应具备下列条件：
①基本掌握现代生产管理和技术管理的方法，有独立解决比较复杂的技术问题的能力。
②能够灵活运用本专业的基础理论知识和专业技术知识，熟悉本专业国内外现状和发展趋势。
③有一定从事生产技术管理的实践经验，取得有实用价值的技术成果和经济效益。
④能够指导助理工程师的工作和学习。
专员是企业或公司中负责部门专职事务的职务，等同于部门经理或低一级别，不一定必须设立。
参考资料来源：百度百科 工程师
参考资料来源：百度百科 专员
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