上海市金山区财政局为了有效地履行其主要职责，内部设有多个专门的职能科室，以确保各项工作的高效进行。以下是具体的部门划分：
1. 办公室：作为全局的核心管理部门，负责日常行政管理和协调工作。
2. 人事教育监察科：负责人力资源管理和干部教育培训，以及对机关内部的监督与考核。
3. 政策法规科：主要负责财政政策的研究、解读与执行，确保工作的合法性与合规性。
4. 财政监督科：致力于财政资金的监督与审计，确保资金使用的透明度和合理性。
5. 预算科：负责预算的编制、执行与调整，确保财政资源的合理分配。
6. 国库科：负责财政资金的收纳、支付和核算，确保财政资金的流动管理。
7. 行政事业科：针对行政事业单位的财政管理，保障公共事业的顺利进行。
8. 基本建设科：负责公共基础设施项目的财政支持与管理，促进区域发展。
9. 农业科：专注于农业财政政策的制定和实施，支持农业现代化进程。
10. 社会保障科：负责社会保障项目的财政支持，保障社会公平与稳定。
11. 企业科：关注企业财政政策，助力本地企业发展与创新。
12. 会计科：负责会计核算与财务报表编制，保证财务信息的准确性和完整性。
此外，上海市金山区人民政府采购管理办公室作为辅助机构，与金山区财政局紧密合作，共同推进采购管理工作的高效进行。