土壤消毒常用的方法有日光高温消毒、新鲜
生石灰消毒、石灰氮（氰氨化钙）消毒、化学药剂（
百菌清、多菌灵、咯菌腈等）消毒等方法。
1、日光高温消毒，比较适合蔬菜大棚土壤消毒，在夏季高温季节，利用蔬菜大棚休棚时间，土壤适量灌水后覆盖地膜，然后密闭大棚，利用自然光热进行高温消毒，可以杀灭土壤浅层病菌和害虫，环保无污染。
2、新鲜生石灰消毒。新鲜的生石灰具有强碱性，对喜欢酸性的土传病害病菌具有比较好的杀灭作用，同时还可以调节土壤酸碱度，还可以补充钙肥，只要不是土壤呈现比较高的碱性土壤都可以采取这种方法进行消毒。
3、石灰氮消毒。石灰氮名字比较多，通常又称氰氨化钙、碳氮化钙、氨腈钙、
氰胺钙等，呈碱性，纯品含氮量约为 30%，含钙量为 50%,是非常好的碱性氮肥和钙肥，也是生产多菌灵的主要原料之一。其与土壤中的水分发生反应，生成氨气和
氧化钙，其中中间产物氰胺具有非常好的除草、杀虫、杀菌的作用，尤其对线虫、
蛆虫，以及土传病害枯萎病、根腐病、姜瘟病等顽固性病菌具有很好的杀灭作用，常用于温室大棚土壤消毒。
在使用时要把石灰氮均匀撒于地表，翻耕后覆盖地膜，然后膜下灌水，密闭消毒15天后揭去地膜通风，两天后即可开始播种。
优点是无污染、无残留、效果好，缺点是价格高、用量大、投资多。
4、化学药剂消毒。常用的土壤消毒化学药剂有百菌清（克菌灵）、
恶霉灵、多菌灵、咯菌腈等药剂。这几种药剂具有杀菌谱广、效果好、持续时间长等特点，适合在土壤消毒、拌种、灌根时使用。