项目资本金计入“所有者权益”会计科目。
“该制度适用于我国境内的企业投资项目和政府投资的经营性项目。”从该条款可以清楚地看出：企业投资的所有项目，和政府投资的经营性项目，适用于项目资本金制度；而政府投资的非经营性项目（公益项目），可不适用于项目资本金制度（并未要求不得按照项目资本金制度执行）。
该项规定与我国当前的固定资产投资实践有机结合。我国政府投资的非经营项目，多数为政府直接投资，项目的全部建设资金由政府通过一般公共预算或地方政府一般债券予以安排。这类项目不存在项目资本金的问题。当然，“法无明文禁止即可为”，政府投资的非经营性项目，若需要市场化融资，可参照项目资本金制度执行。
项目资本金的核算管理：
从财务上说，公司的所有者权益主要包括注册资本、资本公积、盈余公积和未分配利润。盈余公积和未分配利润为企业经营留存收益，不适用于项目资本金。因此适用于项目资本金的主要是注册资本和资本公积。
实践中，还有优先股、永续债、可转换债券三种金融工具，在满足一定条件的前提下，可以（部分）纳入所有者权益科目。例如财政部2014年3月下发的《金融负债与权益工具的区分及相关会计处理规定》规定，发行方企业应在资产负债表“实收资本”项目和“资本公积”项目之间增设“4401其他权益工具”科目。
并在“其他权益工具”项目下增设“优先股”和“永续债”两个科目。国发〔2019〕26号也规定，“对基础设施领域和国家鼓励发展的行业，鼓励项目法人和项目投资方通过发行权益型、股权类金融工具，多渠道规范筹措投资项目资本金。”
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