原因如下：
1、顺治并未葬入孝陵的民间传说
管是清朝编纂的正史《世祖实录》，还是《玉林国师年谱》等文献都一致证实，顺治帝死于当时的不治之症——天花，尸体在他死后的一百天火化，骨灰盛于坛内，称为宝宫，于康熙二年葬入孝陵地宫。
与顺治一同入葬的还有孝康、孝献两位皇后的骨灰。所以地宫中并不是空的，而是有三个宝宫，也就是我们常说的骨灰坛子。
其实孝陵之所以成为清东陵唯一没有被盗的陵寝，倒是应该感谢民间传说，就是前面提到的顺治并没有葬入地宫的传说。既然是空的，自然没有什么珍宝，这就使大部分盗贼对它失去了兴趣。
2、孝陵里没有棺椁
皇家随葬物品，一般为金银制品、珠宝玉器之类，是用来填补棺缝儿的。而孝陵的地宫里根本就没有棺椁，只不过就是三个骨灰坛子，坛子是不需要填缝儿的，哪里来的珍宝？
因而，盗墓者很难有收获，就不会花费大量精力去盗取孝陵。
3、功德碑的影响
孝陵的功德碑上的的确确写着“皇考遗命：山陵不崇饰，不藏金玉宝器”。不管是不是此地无银三百两，这些真真假假的传闻，的确起到了保护孝陵的作用。
当然，仍有盗贼几次偷挖孝陵，抱着试试看的侥幸心理。幸好当时已经是新中国成立的前后，东陵各村的民兵都加强了戒备，盗匪没能得手，只留下一个不足两米深的大洞。
清东陵是我国现存规模最宏大、体系最完整、布局最得体的帝王陵墓建筑群。而一说到清东陵所有人第一想到的肯定就是所谓的东陵盗宝案和军阀头子孙殿英了，但是东陵被盗最开始可以追溯到八国联军侵华的时候，在这以后历经多次被盗，可以说基本上所有皇陵被盗窃一空，但是清东陵却有一座皇陵幸免于难，它就是顺治帝的孝陵。
据史料记载，顺治当时是患上天花这种疾病，很早就死了，年仅八岁的康熙即位，为了尽早的让顺治入土为安，孝陵的建设工期相对较短。并且在当时朝廷每年是亏空四百万两银子左右，所以国库空虚，用的修建材料都是些旧料，缩短了工期也节约了经费，而康熙就把关键经费就用在了关键地方，也就是地宫。而孝陵地宫全是采用黄沙、石灰、泥土参杂糯米浆夯筑而成，最关键的是人家足足夯了十几层，一般当时的炸药也很难轻易的炸开地宫。
当然了，上面说到的孝陵保存下来，坚固只是一方面，那么多次清东陵被盗，只是坚固还不能让孝陵幸免于难。其实，更重要的原因是孝陵里面没有陪葬品。当初康熙就为了防止孝陵被盗，在孝陵大碑楼的神功圣德碑了一句忠告：“皇考遗命，山陵不崇饰，不藏金玉宝器。”这句话意思就是孝陵的地宫什么宝器都没有，盗墓者你就别盗了，废那劲干啥。
哎！说到这里，有人会说了，皇家陵墓你说没有金银珠宝就没有啊？我都不信，人盗墓贼会信，人家那是不见兔子不撒鹰的主。其实，这里就涉及到清朝的一件改革了，由于顺治是清军入关的第一位皇帝，所以当时死的时候下葬方式采用的还是关外的，也就是把陪葬品和人一起火化，然后装进坛子里放到孝陵地宫。而到康熙在位，为了满汉融合，这个下葬方式就改为跟汉人一样的土葬了，因此顺治以后的都采用了土葬形式，就有了陪葬品了。也正是因为这个原因让孝陵幸免于难了！
本回答被网友采纳之所以清东陵中皇陵被盗了很多次，只有其中的孝陵幸免遇难了。原因也是很简单的，就是孝陵当中根本就没有什么东西，没有什么值钱的陪葬品，自然就让孝陵在盗墓贼手中幸免遇难了。
在孝陵大大碑楼上就有着这样的一句话：
“皇考遗命，山陵不崇饰，不藏金玉宝器。”
这句话简单来说意思就是说这里面没啥值钱的东西，没有埋藏金玉这一些宝器。当然光是这样的一句话也是很难让人相信里面是没什么值钱的东西的。要知道孝陵可是顺治帝的皇陵。这样的一座皇陵说里面没有值钱的陪葬品自然是让人难以置信的。
其实孝陵之所以说里面没什么值钱的东西也是有着历史依据的。顺治帝身为清朝入关的第一位帝王。他的下葬也是采用的关外的方式的。就是将人连同这些陪葬品一起火葬了，再将这些全都装进坛子里埋葬在地宫当中。
一直等到康熙上位之后，为了让汉族和满族更好的融合在一起，就将下葬的方式改为了土葬。这样也就导致了顺治帝之后的帝王的皇陵都存在陪葬品，也让皇陵当中除了孝陵都被盗墓贼光顾过。
而且当时为了让顺治帝更快的入土为安，孝陵建造得是非常的快的，再加上当时国库开始空虚，就把建造的经费都用在了一些关键的地方，就是地宫了。孝陵的地宫是非常的严实的，而且也还有好几十层，一般的炸药都是炸不开的。