如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。
如果是paperpass、维普、turnitin之类的系统，检测步骤是“在网页粘贴全文内容”，报告上参考文献显示重复这种情况，几乎改不了，认栽吧... 或者可以调换下参考文献顺序，比如把[1]和[2]文献对换，[3]和[4]文献对换，依此类推。这样有几率逃过查重，不过这样的坏处是和原文引用处就不对应了，不过说句实话...没人在意是不是对应...如果是知网，参考文献标红是完全可以避免的。因为知网检测是上传整篇文档，知网系统会识别格式的，参考文献重复了只能证明你格式错误！
先贴上网络到处流传的设置方法，大家先做个初步自查：（参考来源：《知网查重如何正确标明引用》）
1. 有明显的“参考文献”标记，参考文献4个字独占一行，下面是各个参考文献条目；
2. 每个参考文献有明显的标号，标号可以是以下任意一种：【Num】、[Num]、(Num)；
3. 标号可以是Word自动生成也可以手工书写；
4. 标号内不要添加标点符号，例如：不要[Num.]或(Num、)等；
5. 每个参考文献中最好有时间信息或者URL或《》书目信息；
6. 一条参考文献内及在此条参考文献没有结束时不要有手动换行或者回车符（即顺其自然，满行后会自动换行，请勿人为！）
嗯，总结得很好，但上图还是重复了怎么回事？因为没有提到一些更加重要的潜规则：
1.“参考文献”四个字设置为标题格式。
2.所有标点必须是英文格式，例如,.()[]。书名号《》基本可以直接删除
3.不要出现年月日，直接删掉即可。例如2015年5月 改为 2015.05
4.文献内容的顺序要正确。正确格式：[1]张庆洪,何清方.机动车辆保险[M].北京:机械工业出版社,2016,65.作者与作者之间是逗号，作者列完后是句号，记得是英文标点！
接着是参考文章标题→文章类型→期刊/出版社→出版年份→页码（期刊需要）其中文章类型期刊[J]，图书[M]，硕士论文[D]。
当然，知网查重时只会在意你格式对不对，而不会智能到识别你是否标错了J/M/D或作者/题目之类的细节。做到以上这些，参考文献99.9%不会再重复。该文“知网查重时参考文献被标红怎么办”由学术不端网总结，仅供那些参考文献按照网络的一些知网检测系统识别标准撰写后一样还是被知网查重标红的同学去参考，希望对同学们有所帮助，同学们可以多尝试总结。参考实践过程中一切问题本作者概不负责哦，继续探索中.....
维普查重时，参考文献被标红可能有以下原因：
参考文献格式错误：参考文献的格式需要符合学校或期刊的要求。如果格式不正确，查重系统可能无法正确识别参考文献，从而导致参考文献被标记为红色。
引用内容敏感：如果参考文献中包含敏感词汇，如政治敏感、色情等内容，那么查重系统可能会将这些内容标记为红色。
数据不完善或算法识别错误：有时，新的研究方向、学科领域或特殊的研究对象可能还没有被完全收录到查重系统中，这可能导致系统无法正确识别参考文献，从而将其标记为红色。此外，查重系统的算法可能无法完全准确地识别参考文献，这可能导致参考文献被错误地标记为红色。
请注意，不同的查重系统可能有不同的检测标准和准确率。如需更准确的检测结果，建议使用学校或期刊指定的查重系统进行检测。
维普查重时，参考文献被标红可能有以下原因：
参考文献格式错误：参考文献格式需要符合学校或期刊的要求。如果格式不正确，查重系统可能无法正确识别参考文献，从而导致参考文献被标记为红色。
引用的句子和段落未进行引用：如果引用的句子和段落未在引用符号的后面进行引用，或者引用的格式不正确，查重系统可能无法正确识别参考文献，从而导致参考文献被标记为红色。
使用了不规范的引用格式：如果引用的格式不规范，例如使用“[1]”或“—”等非标准的引用符号，或者在正文中没有按照正确的引用格式进行标注，查重系统可能无法正确识别参考文献，从而导致参考文献被标记为红色。
查重系统算法问题：不同的查重系统使用的算法可能不同，有些查重系统可能无法正确识别参考文献，从而导致参考文献被标记为红色。
为了解决这个问题，建议根据学校或期刊的要求，使用正确的参考文献格式进行引用。同时，在引用句子和段落时，需要在引用符号的后面进行标注，并使用规范的引用格式。此外，如果使用了不规范的引用格式或引用了不相关的内容，需要及时进行修改和调整。