1.对症治疗腹泻伴有呕吐或腹痛剧烈者，可予阿托品类药物，但慎用或禁用阿片制剂，因其能强烈抑制肠蠕动，使肠毒素易被吸收而加重中毒或诱发中毒性巨结肠。也有主张使用肠黏膜保护制剂如思密达等，可吸附病原菌和毒素，并能通过与肠道黏液分子间的相互作用，增强黏液屏障，以防御病原菌的侵入。另外小檗碱（黄连素）具有良好的收敛和轻微抑菌作用，对于细菌性腹泻有一定作用。2.液体疗法（1）口服补液疗法（ORT） 适用于急性腹泻轻、中度脱水及重度脱水的辅助治疗，服用剂量和次数根据患者腹泻次数和脱水程度掌握。（2）静脉补液疗法 适用于重症腹泻伴脱水、电解质紊乱、酸中毒或休克者，补液推荐用乳酸林格氏液，最初应快速静脉补液，遵循补液的基本原则，继发酸中毒者静脉给予5%碳酸氢钠或11.2%乳酸钠，用量可根据血气分析结果先给予半量，视具体情况再决定，注意补充钾、钙。当患者脱水纠正、呕吐好转后即改为口服补液。3.抗生素治疗不同病原菌所使用抗生素不同，耶尔森菌感染的轻症患者多为自限性，不必用抗生素治疗，重症或并发败血症者根据药物敏感实验选用，疗程2～3天，该菌一般对氨基糖甙类抗生素、氯霉素、磺胺类和氟喹诺酮类等敏感。肠侵袭性、致病性或产肠毒素性大肠杆菌引起的腹泻一般可选用氟喹诺酮类药物口服，疗程 3～5天。艰难梭菌相关性腹泻的轻症患者停用抗生素即可使正常菌群恢复，症状缓解，如果停用抗生素后腹泻持续，应当考虑选用针对艰难梭菌的抗生素。重症患者，应立即予以有效抗生素治疗。AIDS相关性腹泻治疗应该及时早期足量应用抗菌药物，如头孢菌素及氟喹诺酮类药物。4.微生态疗法由于引起细菌性腹泻的原因在于外源细菌的侵入或正常细菌的易位、比例失调等，均导致肠道正常菌群的破坏，肠道微生态的失衡，故近年来细菌感染性腹泻的治疗中推荐微生态疗法，目的是恢复肠道正常菌群，重建肠道生物屏障，拮抗病原菌定植侵袭，有利于腹泻的控制。常用制剂有益生菌和益生元，益生菌如双歧杆菌、乳酸菌等。益生元包括乳果糖、果寡糖、菊糖等。但是注意口服活菌制剂应与抗生素间隔2小时左右，以免活菌被杀灭，影响疗效。
