那要看办公室副主任的级别。
主任科员是：正科级非领导职务。
如果你所说的办公室，是省级政府部门（如省卫生厅）或地市级以上政府办公室，其办公室副主任至少也是副县级，属于副县级领导职务，当然比主任科员大；
如果你所说的办公室，是地市级政府部门（如市卫生局）或县级政府办公室，其办公室副主任应该是副科级，属于副科级领导干部，属于领导，按说应该比当然比主任科员大，但实际上，主任科员虽然不属于领导，但属于正科级，往往不服从只属于副科级的办公室副主任领导。
如果你所说的办公室，是县级政府部门（比如县卫生局）或乡政府办公室，办公室属于股级，办公室副主任只是个副股级，按照《公务员法》规定，领导干部级别最低是副科级，股级和副股级不属于公务员的正式级别，更不属于领导干部，就是一般科员，就好像古代的未入流，主任科员和副主任科员当然要比股级办公室主任及副主任要大。
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