之前称为南航厦（South Terminal）的第一航厦是由登机厅A(Rotunda A）、登机区B(Boarding Area B）、和登机区C(Boarding Area C）所组成的。登机厅A将在第二航厦整修工程完成後拆除。现在被登机厅A档住的国际航厦登机区A东面登机门将在登机厅A拆除後才有空间开放使用。
登机厅A(Rotunda A），登机门 1-17
中西航空公司（Midwest Airlines) - (堪萨斯市，密尔瓦基）
全美航空公司（US Airways) - (夏洛特，费拉德尔菲亚（费城),匹兹堡)
登机区B(Boarding Area B），登机门 20-36
加拿大航空公司（Air Canada) - （卡加利，蒙特娄，多伦多,温哥华)
阿拉斯加航空公司（Alaska Airlines) - (棕榈泉,波特兰(俄勒冈州），西雅图-塔科马，温哥华）
地平线航空公司（Horizon Air) - （波特兰（俄勒冈州））
ATA航空（ATA Airlines) - （芝加哥Midway,印第安纳波里，檀香山，利互也）
大陆航空公司（Continental Airlines) - (克利夫兰，休士顿Intercontinental，纽瓦克）
边疆航空公司（Frontier Airlines) - （丹佛）
太阳国航空公司（Sun Country Airlines) - (明尼阿波利斯/圣保罗)
美西航空公司（America West Airlines) - (拉斯维加斯,凤凰城)
美西快捷（America West Express) - （拉斯维加斯）
由梅萨航空公司（Mesa Airlines）飞行
登机区C(Boarding Area C），登机门 40-48
达美航空公司（Delta Air Lines) - (亚特兰大,辛辛那提/北肯塔基，檀香山，盐湖城)
达美联系（Delta Connection) - （盐湖城）
由西空航空公司（SkyWest Airlines）飞行
颂（Song) - (波士顿,纽约JFK,奥兰多（11月4日起））
夏威夷航空公司（Hawaiian Airlines) - （檀香山）
西北航空公司（Northwest Airlines) - (底特律，檀香山，孟菲斯，明尼阿波利斯/圣保罗） 第二航厦在1954年启用时的名称是中央航厦（Central Terminal），自1974年起到2000年新国际航厦启用前第二航厦也曾是旧金山国际机场的国际航厦。目前第二航厦在整修中，整修完成后它将提供多馀的登机门以容许登机厅A(Rotunda A）被拆除。现在第二航厦只被当做来往第一航厦和第三航厦的通道而使用。第二航厦的登机厅也被称为登机区D。旧金山机场医疗处（SFO Medical Clinic）也在这个航厦下层，邻近行李提取处。
登机区D(Boarding Area D)
没有航空公司在此营运，一般相信维京美国（Virgin America）将使用这个登机区，但是至今仍没有正式消息。 由登机区E和登机区F所组成的第三航厦之前的名称是北航厦（North Terminal）。使用第三航厦的有联合航空公司和美国航空公司，以联合航空占大部分。
[登机区E(Boarding Area E），美国航空大厅（American Airlines Concourse），登机门 60-67
美国航空公司（American Airlines) - （波士顿，芝加哥O'Hare，达拉斯-沃斯堡，檀香山，卡互陆依，洛杉矶，迈阿密，纽约JFK,圣路易斯)
美国老鹰航空公司（American Eagle Airlines) - （橙县）
登机区F(Boarding Area F），联合航空大厅（United Airlines Concourse），登机门 68-90
登机区F只服务联合航空的国内班机，所有联合航空的国际班机抵达和出发于国际航厦
联合航空公司（United Airlines) - (安克拉治，亚特兰大，奥斯汀,巴尔的摩/华盛顿，波士顿，柏本克，芝加哥O'Hare，达拉斯-沃斯堡，丹佛，檀香山，休斯敦Intercontinental，可纳，利互也，洛杉矶，卡互陆依，明尼阿波利斯/圣保罗，新奥尔良，纽约JFK，纽瓦克，橙县，安大略（加州），费拉德尔菲亚（费城），波特兰（俄勒冈州），圣地牙哥，西雅图-塔科马，温哥华，华盛顿Dulles)
联航快捷（United Express) - (阿布奎基，贝克尔斯菲，波伊西，柏本克，卡加利，奇科，科罗拉多泉，新月市，艾蒙顿2006年二月五日起,尤金，由律卡，佛瑞斯诺，美德福，蒙德斯图，蒙特瑞，瑞丁，瑞德曼/班德，雷诺/太浩市，沙加缅度，盐湖城，圣安东尼奥，圣路易斯奥比斯保，圣塔芭芭拉)
由西空航空公司（SkyWest Airlines）飞行
泰德（Ted) - （卡布圣卢卡斯(Cabo San Lucas），拉斯维加斯，凤凰城，普多幕拉塔（Puerto Vallarta），安大略（加州）） 于2000年12月启用的旧金山国际机场国际航厦是目前北美洲最大的国际航厦，也是目前建筑在有地震保护功能的地基隔离器（base isolators）上的全世界最大建筑物。它被用来取代2000年前仍是旧金山国际机场国际航厦的第二航厦。旧金山机场国际航厦的登机区主要分为二层楼，上层主要由餐厅和商店所使用，下层则主要是登机门的候机室。一件有趣的事是旅客不会在旧金山机场国际航厦找到任何寻常的速食店，取而代之的是由旧金山湾区著名餐厅以它们本店为版本的所经营的快餐店。
由于可供扩建的空间已所剩无几，新国际航厦基本上是以相对昂贵的费用建筑在机场的主要通路之上。这个地点好处是新航厦与旧航厦以停车场为中心形成了一个连续的圆环；坏处是新国际航厦不能使用原有的道路系统而必须建筑它专用的复杂交流道与一旁的美国公路101连接。
与其他航厦不同的是国际航厦的登机门称呼前都有加上‘A’和‘G’的登机区名称。这主要是用来避免国际航厦登机区A与第一航厦登机厅A两个邻近的登机区之间的混淆，在第一航厦登机厅A拆除後这个作法或许会取消。
为了增加国际航厦的使用率，有少数美国国内班机使用这个航厦。
登机区A(Boarding Area A），登机门 A1-A12
国际航厦南翼，相反于登机区G，第一航厦登机厅A(Rotunda A）旁
法国航空公司(Air France) - (巴黎戴高乐国际机场）
AirTran航空公司（AirTran Airways) - （亚特兰大）
阿拉斯加航空公司（Alaska Airlines) - （依克思塔帕（Ixtapa)/奇瓦添侯（Zihuatanejo），洛斯卡布斯(Los Cabos），美查廉（Mazatlan），普多幕拉塔（Puerto Vallarta))
ATA航空公司（ATA Airlines) - (坎昆(Cancun))
英国航空公司（British Airways) - (伦敦希斯罗机场)
国泰航空公司（Cathay Pacific) - （香港）
中华航空公司（China Airlines) - (台北)
冰岛航空公司（Icelandair) - (雷克雅未克(Reykjavik))
日本航空公司（Japan Airlines) - （东京成田国际机场）
中国南方航空 （China Southern Airlines）（广州、武汉）
荷兰皇家航空公司（KLM) - (阿姆斯特丹)
大韩航空公司(Korean Air) - （首尔仁川国际机场)
西北航空公司（Northwest Airlines) - （曼谷，东京成田）
菲律宾航空公司（Philippine Airlines) - （马尼拉）
宽达航空公司/澳洲航空公司（Qantas Airways) - （悉尼（2006年3月26日起））
中美洲航空公司（TACA) - （圣荷西 (哥斯达黎加))
维京大西洋航空公司（Virgin Atlantic) - （伦敦希斯罗）
卫斯捷（WestJet) - （卡加利）
登机区G(Boarding Area G），登机门 G91-G102
中国国际航空股份有限公司（Air China) - (北京，上海，重庆)
新西兰航空公司（Air New Zealand) - （奥克兰，墨尔本，悉尼）
全日空航空公司（All Nippon Airways) - （东京/成田）
韩亚航空公司（Asiana Airlines) - (首尔/仁川）
长荣航空公司（EVA Air) - （台北-中正）
德国汉莎航空公司（Lufthansa) - （法兰克福，慕尼黑)
墨西哥航空公司（Mexicana) - (瓜达拉哈拉,墨西哥城,Morelia)
新加坡航空公司（Singapore Airlines) - （新加坡 （经首尔/仁川或香港））
联合航空公司（United Airlines) （北京，法兰克福，香港，胡志明市（经香港），伦敦/希思罗，墨西哥城，名古屋(Nagoya)/中部，大阪/关西，巴黎/夏尔戴高乐，圣保罗，首尔/仁川，上海，新加坡，悉尼，台北 （经东京/成田），东京/成田）
