户口本不在一起的兄妹，可以通过调取自己或兄妹的个人档案、学历档案、工作档案、父母的档案等方式收集填写过的能证明亲属关系的表格来证明亲属关系。如果兄妹均健在，可以做DNA鉴定，以确定其血缘关系。 公安机关开具证明，也仅限于户口本在一起的兄妹，户口本不在一起的，公安局派出所也无能为力，因为派出所只是管理户籍，并没有开具亲属关系证明的权限和业务，如亲属不在同一户口上，公安机关是不掌握亲属关系的。
法律依据
《《中华人民共和国户口登记条例》》第三条 户口登记工作，由各级公安机关主管。城市和设有公安派出所的镇，以公安派出所管辖区为户口管辖区；乡和不设公安派出所的镇，以乡、镇管辖区为户口管辖区。乡、镇人民委员会和公安派出所为户口登记机关。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口，由各单位指定专人，协助户口登记机关办理户口登记；分散居住的户口，由户口登记机关直接办理户口登记。