1、转基因大豆及其产品可能对人体产生过敏反应。全世界有近2％的成年人和4％—6％的儿童发生过食品过敏，而90％的过敏是由蛋、鱼、贝壳、奶、花生、大豆、坚果和小麦8种食物引起的。转基因大豆由于其引入外部基因所以可能对人体更容易产生过敏反应。世界上一些国家的事实也证实了转基因大豆存在一定过敏性。
2、转基因大豆及其产品可能会影响人体健康和内部系统。转基因大豆的组成物质与非转基因大豆相比有较大的变化，如植物凝血素提高了约1倍，蛋白酶抑制剂高26．7％，而蛋白质和苯丙氨酸明显下降，维生素B2复合体胆碱的含量低29％等，这些组成物质的变化可能会使人体生长缓慢；转基因大豆还含有一种类似雌性激素钓化学物质，它会影响人体荷尔蒙，导致人体生殖器官异常，并损害免疫系统。此外，有证据表明，转基因大豆食品与非霍奇淋巴瘤发病率的提高具有一定相关性。
3、转基因大豆及其产品可能会影响人体对抗生素产生抗性。转基因大豆中引人了外部基因，如果这些抗生素标记基因进入人体，则有可能转移到有害的致病菌中，从而使它们产生耐抗生素的能力，降低抗生素的临床有效性，也可能使人体对很多抗生素产生抗性。
4、转基因大豆及产品可能引起跨物种感染，使人类感染动物的疾病，带来严重灾难。转基因食品中引入特定的基因或病毒，为跨物种感染埋下了通道。尽管转基因食品引起跨物种感染的发生的概率非常小，但考虑到它的破坏性之大，不得不加倍慎重对待。
5、转基因大豆中存在未知DNA，可能带来新的不安全。人类对转基因大豆的研究很可能超出人类控制的范围，转基因大豆很可能发生人类没有预料到的变化，当然也可能给人类健康安全带来新的风险
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