企业面临的税务问题复杂多样，以下是一些常见的税务问题及其解析：
1. 增值税普通发票的申请问题：
企业初次申请增值税普通发票时，根据《全国税务机关纳税服务规范》，需要提交以下资料：
- 《纳税人领用发票票种核定表》2份；
- 经办人身份证明的原件；
- 发票专用章的印模。
2. 公司账户向个人账户转账的问题：
公司账户可以直接向个人账户转账，但需要有充分的转账理由。银行对公司的转账行为监管严格，通常只有在发工资、员工报销、支付劳务报酬或借款等情况下才被允许。
3. 商业回扣的问题：
商业回扣在企业经营中并不鲜见。例如，某企业一年的营业额中有近2000万元为回扣，但这些通常无发票且未代扣代缴个人所得税。商业回扣尤其在医疗器械或医药行业中常见，这些行业往往毛利率高、税负重、净利润低，大量资金因回扣而消耗。
4. 公司股东转账的问题：
公司股东不能直接从公司账户转账。公司账户的资金与股东个人账户无直接关联，年底分红时方可将收益转入股东账户，并需缴纳相应税费。创业初期，团队成员的费用垫付可通过正规报销程序处理。
5. 增值税发票虚开的问题：
虚开发票，如因缺进项发票或进项发票过多而产生，存在巨大风险，可能导致企业负责人被判10年以上有期徒刑。
6. 现金支票与转账支票的区分问题：
企业日常运营中会遇到的支票类型包括现金支票和转账支票。现金支票用于从对公账户中支取现金，转账支票则主要用于同城转账业务。这两种支票需在银行预先购买，填写完毕并加盖财务章和法人章后方可使用。
注意事项：
- 完善公司财务内部控制制度，包括财务权限设置、财务岗位设置和定期稽查制度。
- 管好营运资金，制定合理的信用政策，确保货款尽快回收，避免因忽视收款风险而导致资金短缺。
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