U盘里的文件夹变成应用程序的原因是U盘中的文件夹被隐藏起来了。
需要准备的工具：电脑，U盘。
1、双击进入计算机，双击打开C盘。
2、点击工具下面的文件夹选项。
3、进入文件夹选项后，点击查看。
4、点击隐藏文件和文件夹。
5、勾选显示隐藏的文件，点击应用即可。
可能原因有：中了木马，蠕虫或其他病毒，导致文件夹变成exe格式。
解决办法：打开移动盘，选择“工具，文件夹选项”菜单命令，单击“查看”选项卡，去掉“隐藏受保护的操作系统文件”这一选择，并单选“显示所有文件和文件夹”这一选择，确定，这时你应该能够看到你原来的文件夹（如果它们还在的话）把它们属性里的“隐藏”选项去掉即可
U盘杀毒方法：
1、准备一台没病毒感染的电脑；
2、双击打开电脑，在弹出窗口中点击“了解组织——文件夹和搜索选项”。
3、然后在文件夹选项窗口中点击“查看”，点击“选择显示隐藏文件、文件夹和驱动器”，点击“确定”。
4、然后将中毒的u盘插回电脑usb接口，并使用CMDadministratorDOS命令方法打开u盘，然后再打开u盘窗口的右上角输入“autorun”。
5、完成以上操作后，请将有用的文件复制到u盘上，然后格式化u盘。
具体的方法：
1、打开“我的电脑”
2、点击“工具”——“文件夹选项”——“查看”
3、将“隐藏已知文件扩展名”前的对勾取消，然后确定
4、将文件夹后的exe删除掉，然后将文件夹的隐藏属性去掉
5、在开始菜单运行栏输入cmd，在打开的窗口中输入： attrib-s-hH:\*/s/d H要换成你的U盘盘符。等他执行完毕，优盘的所有隐藏文件就都显示出来了。
6、把其中与文件夹同名的病毒删除即可
您应该是感染了U盘病毒了！点击菜单栏 “工具”，再点击弹出的下拉菜单中的“文件夹选项”，点击其中的“查看”，在高级设置里将“隐藏文件夹和文件夹”设置为“显示所有文件和文件夹”，将“隐藏已知文件类型的扩展名”取消，接下来打开您的U盘，您将看到您原来的文件夹被隐藏成灰色，选中被隐藏的文件夹右击，点击“属性”将文件夹属性的“隐藏”取消即可，最后将文件夹后扩展名为.exe的文件删除，若有autorun.inf文件夹删掉它，基本可以了。建议您用杀毒软件再查杀一遍以求万无一失。以上是我个人的经验，希望能帮到您，欢迎批评指正！
1、首先准备好一台电脑，笔记本也可以，还有感染病毒的U盘。接着将U盘连接到电脑上，等待电脑读取，
2、读取是肯定会提示让扫描之类的，这里我们直接点击不用扫描就好。如图
3、打开U盘之后，我们会看到所有的文件类型全部为“应用程序”，这时候打开会显示特别的慢，还非常卡顿，如图
4、这时候我们在其菜单栏中找到“工具”，点开选择“文件夹选项”，
5、打开之后，我们选择“查看”，在其“高级设置”中我们找到“隐藏文件夹和文件夹”，这里将显示隐藏文件夹这一项打开，在下边我们将“隐藏已知文件类型的扩展名”前边的“√”取消，
6、这时候一些隐藏的文件就可以看到了，我们选择被隐藏的文件，点击鼠标右键，选择属性，
7、我们这里将文件隐藏这里前边的√取消掉，点击确定。如图
8、最后将文件夹后扩展名为.exe的文件删除，如果有autorun.inf文件夹删掉它，可以了。