山东农业大学的硕士点有：081400土木工程（一级学科硕士点）、081500水利工程（一级学科硕士点）等等。
1、081400土木工程（一级学科硕士点）
本学位点招收学术型硕士研究生，2006年结构工程二级硕士学位授权点获批；2010年土木工程一级硕士学位授权点获批。本学位点下设3个二级学科方向，分别为：结构工程、岩土工程、市政工程。
（1）结构工程：主要研究方向为村镇建筑新技术与理论、混凝土材料与结构耐久性、结构检测与加固、固体废弃物资源化再生利用等。
（2）岩土工程：主要研究方向为岩土工程结构变形与破坏机理、地下岩土工程稳定性控制、岩土工程结构稳定性监测与评价等。
（3）市政工程：主要研究方向为水体污染防治、水质安全保障、城市污泥与固体废物处理与利用等。
2、081500水利工程（一级学科硕士点）
本学位点招收学术型硕士研究生，2006年获批水文学及水资源和农业水土工程硕士学位授权，2011年获批农业水土工程博士学位授权，2017年获批水利工程一级学科硕士学位授权。本学位点下设三个研究方向：农业水土工程、水利水电工程、水文学及水资源。
（1）农业水土工程：主要研究领域为灌排理论与技术、农业水土资源与环境、农田水利工程建设与管理。
（2）水利水电工程：研究领域包括工程水力学、结构检测、土石坝渗流与健康评价。
（3）水文学及水资源：主要研究领域为水文循环与水资源演变机理、水资源开发利用与保护、水安全与水生态。
学科建设
截至2023年2月，学校有12个博士后科研流动站，12个一级学科博士点，26个一级学科硕士点、15个专业学位授权类别；2个国家重点学科，2个农业农村部重点学科，21个省级重点学科；1个省“高峰学科”，4个省“优势特色学科”。
1个省培育学科；1个省一流学科“高峰计划”建设学科，4个省一流及培育学科，农林学科连续6年入选QS世界大学学科排行榜400强，5个学科进入ESI全球排名前1%，其中植物与动物科学学科进入ESI全球排名前1‰。