如果您在跨年时发现需要对之前的发票进行冲红处理，并在新的一年重新开具发票，但新的发票金额比原来的发票金额少了，并且有留抵税额的情况，可以按照以下方式进行分录处理：
1. 原来的发票冲红：
借：应收账款（原来的发票金额）
贷：销售收入（原来的发票金额）
2. 新的发票开具：
借：销售收入（新的发票金额）
贷：应交税费—应纳税额（新的发票金额-留抵税额）
贷：应收账款（新的发票金额-留抵税额）
在上述分录中，原来的发票冲红的分录中，借方为应收账款，贷方为销售收入，反映了原来的发票金额的核销。新的发票开具的分录中，借方为销售收入，贷方为应交税费—应纳税额和应收账款，反映了新的发票金额和留抵税额的处理。
在以上处理中，留抵税额需要在新的发票中予以扣减，并在贷方分录中体现。同时，在处理时需要按照税法和会计准则的要求进行，如果您对具体处理方式有任何疑问，建议咨询专业的财务顾问或会计师的意见。