无意中吃入少量的籽是没有什么危害的。但是大量吞入水果籽，可能会使水果籽在胃中与其他食物相互混杂，形成异物团块，进而造成梗阻，大量摄入可能引发急性中毒。事实上，水果籽通常由果仁和果仁外面的硬壳组成。将水果籽嚼碎后，果仁部分也许会被消化，但硬壳部分仍然可能形成较大的团块。
车厘子的果核被压碎、咀嚼，或者只是轻微的破损，都会生成氢氰酸。轻度中毒症状包括头痛、头晕、意识错乱、焦虑心慌和呕吐。
一般来说，混杂在果肉里面的细小种子都能吃。比如草莓籽、蓝莓籽、百香果籽、西红柿籽和火龙果籽等，只是人体肠胃无法吸收。而有些水果籽煮熟后相当美味，例如菠萝蜜和榴莲的种子。