对于兄弟两户只有一个宅基地的情况，根据规定，是可以申请新的宅基地的。这通常需要满足一些条件，首先是分户。如果两兄弟中有一人已经与父母分户，而另一人仍与父母同住，那么未分户的兄弟通常可以申请新的宅基地。因为按照现行的土地政策，每户应该有一处宅基地，而分户后未获得宅基地的兄弟就可以提出申请。
然而，并非只需向村委会申请就能获得宅基地。实际上，村集体很少有剩余的宅基地可供分配，通常需要农民自行解决住房问题。
针对农村家庭中两个儿子共用一套宅基地房屋的情况，处理方式可能包括：
1. 翻盖老宅。家庭可以利用现有的宅基地翻新老旧房屋，这样每个儿子就能拥有一栋楼房。父母可以根据分家时的房产情况选择与其中一个儿子居住，或者在两兄弟的房产间轮换居住。通常，承担更多照顾老人责任的子女会拥有较好的房产条件。
2. 宅基地置换。有些家庭可能发现自家的土地不适合建房子，可以尝试与其他人交换土地来建房。这样，尽管可能位置偏远一些，但至少能确保有地方盖房。
3. 购买宅基地。农村有些家庭可能选择不建房而前往城市购房。在这种情况下，其他村民也可以考虑购买宅基地，尽管价格可能较高，但在村内买卖宅基地通常是允许的。
关于宅基地加盖二层的问题，根据《土地管理法》第六十二条第一款的规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。因此，未经报建审批私自加盖二层是不合法的。根据《民法典》第二百零九条第一款的规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，必须经过依法登记才能生效。
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