根据《国家税务总局关于小微企业免征增值税和营业税有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第57号）规定，增值税小规模纳税人月销售额不超过3万元（按季纳税9万元）的，当期因代开增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票）已经缴纳的税款，在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还。
因此，小规模纳税人当期代开专用发票时已缴纳的税款，若当期销售额不超过3万，在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，是可以向主管税务机关申请退还的
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