增值税电子普通发票不能直接进行作废处理。增值税电子普通发票开具后，如发生开票有误、销货退回或销售折让等应开具红字增值税电子普通发票，无需退回增值税电子普通发票。
主要理由是：由于增值税电子普通发票具有可复制性，无法回收的特点，因此增值税电子普通发票一旦开具暂不能作废。
主要依据是国家税务总局《关于红字增值税发票开具有关问题的公告》：增值税一般纳税人开具增值税专用发票（以下简称“专用发票”）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的：
（一）购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统（以下简称“新系统”）中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》（以下简称《信息表》，详见附件），在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。
购买方取得专用发票未用于申报抵扣、但发票联或抵扣联无法退回的，购买方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
销售方开具专用发票尚未交付购买方，以及购买方未用于申报抵扣并将发票联及抵扣联退回的，销售方可在新系统中填开并上传《信息表》。销售方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
（二）主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。
（三）销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在新系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。
（四）纳税人也可凭《信息表》电子信息或纸质资料到税务机关对《信息表》内容进行系统校验。
扩展资料：
《国家税务总局关于推行通过增值税电子发票系统开具的增值税电子普通发票有关问题的公告》(国家税务总局公告2015年第84号)第三条规定:
增值税电子普通发票的开票方和受票方需要纸质发票的，可以自行打印增值税电子普通发票的版式文件(黑白彩色均可)，其法律效力、基本用途、基本使用规定等与税务机关监制的增值税普通发票相同。
参考资料：关于红字增值税发票开具有关问题的公告
由于增值税电子普通发票具有可复制性，无法回收的特点，因此增值税电子普通发票一旦开具暂不能作废。增值税电子普通发票开具后，如发生开票有误、销货退回或销售这让等应开具红字增值税电子普通发票，无需退回增值税电子普通发票。
使用增值税电子发票的好处：
（一）对于开票企业的好处
不需要印制纸质票，可远程领取电子发票、无需往返税务机关，不需要保险柜进行存放，开具发票后不需要打印、邮寄，从而能大幅降低纳税人在发票上的成本；
对于电商行业而言，还解决了货票分离的经营模式带来的发票开具、邮寄的额外负担问题；
电子发票系统可以与企业内部的ERP、CRM、SCS等系统相结合，发票资料全面电子化并集中处理，有助于企业本身的账务处理，大大提升了企业财务人员的工作效率；
发票作废与红字发票开具更简便易行，避免与消费者因丢失纸质发票产生退货或者售后维修的纠纷；
电子发票在保管、查询、调阅时更加方便，能及时提供企业经营者决策支持。
（二）对于受票企业或消费者的好处
在交易的同时取得电子发票并进行查验，降低收到假发票的风险；
方便保存、使用发票，随时可登录服务平台查询、下载已加盖电子签章的发票信息；
发票随用随打印，对打印机和纸张没有限制，对打印次数没有限制，不用再担心发票丢失影响维权或报销；
可报销、可入账，省去了传统纸质凭证入账的环节，提升受票企业财务人员的工作效率。