每个学校都有各自的特点，评论好与不好和个人的观点角度不同，要根据自己的志向选择。下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校类别不同
1、福州大学
学校类别：理工类。
2、南昌大学
学校类别：综合类。
二、学校特色不同
1、福州大学
世界一流学科建设高校（2017年）、211工程（1997年）、福建省重点建设高校（2003年）、卓越工程师教育培养计划（2010年）、教育部、福建省人民政府共建高校（2012年）、福建省重点建设高水平大学（2014年）、福建省人民政府、国家国防科技工业局共建高校。
2、南昌大学
世界一流学科建设高校（2017年）、211工程（1997年）、教育部、江西省人民政府省部共建高校（2004年）、教育部、江西省人民政府部省合建高校（2018年）、教育部卓越工程师教育培养计划高校（2010年）、教育部卓越医生教育培养计划高校（2012年）、中西部高校综合实力提升工程（2012年）、中西部高校基础能力建设工程（2012年）、江西省高水平大学整体建设高校（2017年）。
三、学校规模不同
1、福州大学
截至2021年6月，学校拥有福州旗山、怡山、铜盘和厦门集美、鼓浪屿以及泉州泉港、晋江等多个校区，总占地7000余亩，公共用房总面积142万平方米；有教职工3209人，在校普通本一批学生24421人。
2、南昌大学
截至2021年6月，学校拥有前湖、青山湖、东湖、鄱阳湖4个校区，其中前湖主校区占地面积4321亩，校舍建筑面积150万平方米；有教职工4454人，全日制本科学生34404人。
四、院系设置不同
1、福州大学
设有福州大学电气工程与自动化学院、福州大学机械工程及自动化学院、福州大学数学与计算机科学学院、福州大学石油化工学院等21个学院（含1个独立学院和1个中外合作办学学院）。
2、南昌大学
设有研究生院和人文学部、社科学部、理工一部、理工二部、医学部等12个学科门类。
综合实力南昌大学要比福州大学更强一些，不过差距不大，两者也各有优势。
在2016-2017年中国一流大学（100强）排行榜中，南昌大学位于75名，福州大学位于83名。福州大学的优势学科主要是土木工程、数学、管理科学与工程、电气工程、机械工程、材料科学与工程；南昌大学的优势学科主要是材料科学与工程、食品科学与工程、机械工程、临床医学、环境科学与工程、生物学、管理科学与工程、化学工程与技术等。
在2016-2017年中国一流大学（100强）排行榜中，南昌大学位于75名，福州大学位于83名。福州大学的优势学科主要是土木工程、数学、管理科学与工程、电气工程、机械工程、材料科学与工程；南昌大学的优势学科主要是材料科学与工程、食品科学与工程、机械工程、临床医学、环境科学与工程、生物学、管理科学与工程、化学工程与技术等。本回答被网友采纳