通过15a的工作，水文地质调查在地下水资源评价、重点地区水文地质调查、严重缺水区与劣质水地区地下水勘查、地下水污染调查等方面取得了显著进展。
完成了新一轮全国地下水资源评价与北方平原盆地地下水资源及其环境问题调查评价。2000～2002年，以省级行政区为单元完成了全国新一轮地下水资源调查评价，查明了自1984年以来全国地下水资源数量与质量的时空变化、开采潜力等总体状况，编制了《中国地下水资源与环境图集》，包括序图组、全国性图组、地区性图组和分省图组共126幅图，为国家水资源规划和管理提供了科学依据。2003～2013年，以平原盆地为单元，开展了区域地下水资源及其环境问题调查评价。完成了北方11个主要平原盆地地下水资源及其环境问题调查评价，总结了主要平原盆地区域水文地质规律或特征，评价了主要平原盆地地下水资源量、调蓄能力、环境与生态功能；完成了河套平原、江汉-洞庭平原、共和盆地等地下水资源及其环境问题调查评价工作，掌握了水文地质条件、地下水水量与水质状况。编制完成了亚洲水文地质图、地下水资源图与地下水环境背景图（1∶800万）。开展了华北平原、松嫩平原、银川平原、河西走廊、鄂尔多斯盆地、准噶尔盆地地下水动态调查，运行完善了华北平原地下水动态评价数值模型，对华北平原地下水资源进行了再评价。
持续推进西南岩溶地区、重要能源基地等重点地区水文地质调查。2003～2013年，开展了西南岩溶地区地下水与环境地质调查，在西南岩溶干旱缺水和石漠化重点地区，以岩溶流域为单元，开展了1∶5万水文地质和环境地质调查。通过调查，掌握了西南岩溶区主要水资源环境问题，调查了岩溶水资源状况及其开发利用潜力，查清了调查区岩溶石漠化的分布状况及其发展趋势；查清了典型岩溶流域水文地质条件和环境地质问题，针对不同类型区开发条件，建立了岩溶地下水开发利用与生态环境综合治理模式。近年来，在宁东、准东、东胜、青海、冀中等重要能源基地开展了水文地质环境地质调查工作，通过重点区1∶10万和1∶5万水文地质调查，提高区域水文地质调查精度，进一步查明了能源基地主要区域含水系统、含水层结构、地下水动力场演化，深化了能源基地水文地质结构认识。2011年以来，开展了鄂尔多斯盆地、柴达木盆地、塔里木盆地等西北大型盆地水文地质调查，探索推进重点地段1∶5万水文地质调查，加深对大型盆地水文地质条件的认识。以青藏铁路沿线为重点，开展了青藏高原重点地区水文地质环境地质调查，通过填补区域1∶25万水环地质调查空白区和重点区1∶5万水文地质调查，选择适宜地段进行地下水探采结合井开展了地下水供水示范。
严重缺水区与劣质水地区地下水勘查推动了大量居民用水困难的解决。在西南红层地区、黄土高原、西北内陆盆地、山地高原缺水区、北方饮水型地方病区以及四川大骨节病区等典型地区，开展了以解决人畜缺水困难为目标的地下水勘查与示范工程。通过10多年的工作摸清了我国西北、东北、华北、西南15个省（市、区）的缺水区背景条件，形成了一套有效的工作方法，总结出西北干旱区一系列地下水富集模式，深化了对区域规律的认识，探索出西南红层浅层地下水开发利用新模式，研究了高砷高氟地下水分布与形成规律，总结了地下水赋存模式，建立了不同缺水区地下水勘查技术方法体系，开发出一批新仪器、新材料和新技术，形成地调投入勘查示范为主，多渠道投资地下水勘查的新机制。2011年以来，在宁夏中南部地区、陕甘宁革命老区、太行山集中扶贫区等严重缺水地区和西藏大骨节病地区、四川阿坝州等地方病区开展了水文地质调查和地下水勘查，完成了一批1∶5万水文地质调查图幅，结合地方需求，实施探采结合孔和供水示范井，推动了贫困地区饮水困难的解决。2010年和2011年为应对极端干旱气候，分别组织实施了滇黔桂地区和华北地区抗旱找水打井工作，有力地支持了当地抗旱工作。
地下水污染调查获得了我国地下水污染状况基础数据。2005年启动了我国地下水污染调查评价工作，首先对珠江三角洲、长江三角洲、淮河流域平原、华北平原进行了调查，然后又依次对东北下辽河平原、松嫩平原、三江平原、中西部主要城市、东南地区等开展了调查，预计到2015年可完成全国首轮地下水污染调查。通过1∶25万区域地下水污染调查，构建了地下水污染调查评价测试分析技术体系，取得了海量地下水质量与污染的调查数据，基本查明了区域地下水水质和污染状况，初步掌握全国重点地区地下水污染程度，构建了地下水污染信息系统，编制了地下水污染防治区划，为各级政府部门提供了大量区域地下水质量、地下水污染等基础资料。地下水污染调查表明有很多地区地下水水质严重恶化，引起了政府部门的高度重视，促进了《全国地下水污染防治规划（2011～2020年）》的出台。