粉碎机直接与药品接触，其清洁程度直接影响药品质量，生产完毕后应进行彻底清洁。生产结束，关掉电源，将生产中所有物料按物料进出站程序送交中间站。挂设备待清洁状态牌。打开粉碎机，将收料袋、筛网、可拆卸风管等移入清洁间水槽内。向水槽内注入约2/3体积的30~40℃温水，浸泡10-30min，再用流水分别将收粉袋正反面反复洗涤至收粉袋洁净；筛网、风管用软毛刷洗涤致水液澄清。用离子水冲洗三遍。在与粉碎间相同的级别洁净区内干燥，备用。用洁净的专用擦布沾取温水分别将粉碎机物料进口、粉碎机内腔、物料出口、收粉室反复擦拭至洁净。用去离子将粉碎机内壁及输粉管、旋风分离器彻底擦拭清洁。用洁净的干毛巾将上述各部位擦干，再用75%的乙醇擦拭清洁。将操作间地面、配电柜、电机及操作柜擦拭干净。待布袋、筛网干燥后，按与拆卸相反的顺序将粉碎机各部位安装完毕。清扫、冲洗操作间地面至地面无粉尘、积水。万能粉碎机的拆卸原则：从上而下，从外而内，以下详细说明清洗过程中拆卸万能粉碎机的步骤：清扫，关闭粉碎机总电源，用羊毛刷从上而下将粉碎机内残留的粉尘逐层清扫。拆除加料斗，将加料斗底座四个螺栓拆除，取下加料斗，拆下的螺栓与加料斗放在规定位置。拆除筛网，打开粉碎机门，取出筛网。拆除活动齿轮，用扳手固定活动齿轮，用大力扳手松开活动齿轮紧固螺母，装上拆除活动齿轮的专用工具，用扳手装动专用工具，使活动齿轮与主机轴分离；取下活动齿轮，安全放置，操作过程中注意安全，不要弄伤手指。普通清洗：专项清洗完后进入普通清洗程序，即用自来清洗干净后，去离子水清洗。粉碎机主体设备及各部件清洗干净后，安全放置，用电吹风吹干后进入安装程序。
对粉碎机其它部位的清洗：主要是对粉碎机盖子及外部有螺丝的部位进行清洁。这些地方可用毛刷轻轻刷就可以刷干净，有必要的话用清水或洗洁精清洗一下。对粉碎机机舱的清洗。粉碎机机舱也就是我们所说的粉碎仓，物品粉碎都在粉碎仓里进行，所以是重点清洗的部位。粉碎机仓与电机的主要固定部位在机舱内部的刀头部位。刀头上面由一个不锈钢螺丝固定，只要用扳手把这里的螺丝松开，把刀片拿下来，就可以把机舱和电机分离，分离的时候注意把链接线拔下来。粉碎机仓的清洗工具涉及专用扳手、毛刷等，像久品粉碎机都配有专用扳手，正好方便拆卸刀头时使用。
粉碎完药物后，断掉设备电源，打开粉碎膛门，取下环状筛板，用干毛刷简单将粉碎膛中的钢齿圆盘、粉碎室及出粉道中的药粉掏刷出来，再关上并拧紧膛门，出粉通道口下放一接水桶或大口径水盆，再开大加料斗口，接通电源，启动粉碎机进行空转，从加料斗内加入干净的自来水进行冲洗。此时加入的水流在机内圆盘的高速转动下，借助强烈的气流，水流快速冲洗粉碎室及通道中的各个部件，最后机内水流经出粉通道口流入接水桶或盆内。由于粉碎室及通道具有很好的密闭性，其内的水流不会渗出或溅出，即不影响设备的安全。使用该方法只需半桶水反复冲洗几次即可令设备干净。
