省级以下工商管理机关实行的是垂直管理，就是说省级以下的工商机关只归上级工商机关管理，并不受当地政府管理。
比如辽宁省工商局归辽宁省政府管理，但沈阳市工商局并不归沈阳市政府管，它归它的上级——即辽宁省工商局管（当然，实际上肯定也要接受沈阳市政府的管理，只是在体制上不归它管就是了），这个就是垂直管理。
但是大连市是计划单列市，副省级城市，所以大连市工商局就归大连市政府管，所以大连市工商局是市直，其他市工商局是省直。
至于政府系统和工商系统的区别，广义上的政府系统，只要是行政机关、事业单位都是政府系统，但狭义上的政府系统，就是市政府机关、市委机关等，而工商机关是独立于这一套机构的。
比如，区政府对当地的区环保局、区城管局、区卫生局等都有绝对的领导权，因为这些局的人事、财政都归区政府管，而区工商局的人事、财政归市工商局管，所以这是独立于政府系统之外的。
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