其实我也不太明白，不过有达人解释了一下结局
前言：
simoun结束，而我们正如同结局中的角色们，看得梦里雾里，正如某人说得那样『这片子真“内涵”看不懂』。诚如这样，simoun的确太多的迷雾，然而比起前两年那个『AVENGER 复仇者』，simuon还是厚道的多，至少还有很多空白可以让我们自行补完。
正文：
（以下纯属个人YY，其实我是爱姐妹控。。。）
个人认为simoun里面传达了一种『反割裂、回归』意识，人类儿童对于将要成年普遍有种潜意识的隔离恐惧，而这点在simoun里被突显化了。动画里的角色一定年龄后要通过泉来选择性别，有别于人类的渐渐变化适应，她们直接要面对被迫割裂的选择，无论选择是男性还是女性，对于她们来说都失去了自身另一半。追求『永远的少女』本质是追求完整性，一种本能『反割裂、回归』意识，然而动画又从另一条线索预示了『永远少女』的不可能性，理想和现实的冲突正是 simoun悲剧所在。
『姐妹篇』
这里试着以凯姆、阿尔提最后选择性别为例分析。
虽然最后是姐妹end，然而相信很多人依然对凯姆的真心究竟是帕拉还是阿尔提存有疑问。就我看来，无论是帕拉还是阿尔提，凯姆对两个人的爱情指向只是一部分，而她的感情（非爱情）指向对象始终的妹妹。
帕拉对于凯姆来说，除了单纯爱慕，更多的掺杂了崇拜、向往，仔细分析的话，会发现这两个人本质上有根本的相同点：成为『保护者』的愿望。
凯姆和阿尔提的误会正是在于这种『保护者』和『被保护者』的角色错位。
从姐妹的童年回忆看出，即使嘴里强硬地说着“不行就不要跟来”，最后向妹妹伸出手的依然是姐姐。那时候起，凯姆就不自觉的的扮演『保护者』的角色。
姐妹关系的转折点是『暴风雨的一夜』，姐姐因为初战的恐惧，犯下了姐妹乱伦的罪，这是直接原因，而更进一步来看，一直把妹妹想要变成男性保护自己当做玩笑的姐姐，这夜开始真正意识到自己失去的自己已经身为『保护者』的地位。个人觉得13话，阿艾尔的话那时候已经让凯姆开始意识到自己的这种潜意识，错误的本身并不只是阿尔提。
姐妹关系的另一次转折在于性别选择之前的争吵，再一次酸阿尔提的凯姆，面对了如小时候那样哭着喊着“姐姐是笨蛋”的妹妹。正是这一次，让凯姆认识到，阿尔提没有改变，即使表面上变得坚强，依然还是那个需要『保护』的妹妹，自己所谓的丧失根本是自己的误会。
所以最后才会拉起阿尔提的手，“无论你在哪里，我都会在那”，与其说这是爱的告白，不如说凯姆真正想要的是那个能继续着保护妹妹的姐姐。
明明自己害怕着，却仍要勉强自己，只要姐姐好，什么都可以的宇宙第一姐控，犯下了可怕又可爱的错误。小时候就是那样，明明害怕着却依然紧跟着姐姐， “不行的话就不要跟来”，面对着姐姐的冷嘲热讽，只能委屈的哭着“姐姐是笨蛋”。只要变强、只要不再是『被保护』的那个，就会跟的上姐姐的脚步——这个错误的想法，阿尔提没有意识到对姐姐而言是一种剥夺。直到和奈比的那次对话，让她意识到了自己想法的正确性。阿尔提最后终于意识到了误会的本质，本来抱着放弃给姐姐自由的想法，当姐姐握着她的手说出那句，“无论你在哪里，我都会在那”，阿尔提才意识到姐姐根本没有改变，依然还是那个向懦弱自己伸出手的人。
为了妹妹压抑自己的姐姐，为了姐姐勉强自己的妹妹，是否百合结局已经不重要了，即使最后选择了性别，姐妹最后以她们自己的方式反对了对童年割裂，把时间回归那时。
（连发型都变和小时候一样了。。。）
『多米妮莫篇』
从『翠玉纹章』开始，看似与主线剧情无关成为辅线的这对拍档，才是这部动画高度所在，她们是真正的simoun悲剧见证人—『永远少女』的不可能实现。
整部动画中看下来最让人迷惑的怕是多米究竟在simoun中看到了什么？
多米大姐可以说是暴风队中对整个事件认知度最高的人，身为原秘密部队的她，本身应该知道所谓『翠玉纹章』是『门』的事实，而她的转变正是在看过 simoun内部构造后。究竟是看到了什么才让坚强、手腕强力的御姐后来变得绝望、脆弱。根据多米后来的话—“我看到了『永远的少女』，看到了未来”。
那到底什么是『永远的少女』，『未来』指的又是什么？即使宣称自己看到这些的多米，依然带着妮莫奈画出了『翠玉纹章』，这就说明她本身认知和这个预示产生了极大的反差，她决定去亲自证实。
而在两人成功画出『翠玉纹章』，去到异时空，从多米的不振可以看出，她原本的信念被simoun的预示证伪了。即使通过『翠玉纹章』，人类也无法成为『永远的少女』，她们依然如常人般成长、衰老、死亡，所谓的回归一开始根本就不存在。即使这样，她们依然只能以类似传教者的身份，不断把这种谎言传递下去，培养新的simoun乘搭者，重复着跨越时空把这种虚假的信念延续下去，正如动画本身说的那样，『没有信念，我们根本无法站立』。
多米最后与妮莫奈再次踏上旅程，可以说是一种逃离，即使无法成为『永远少女』，即使无法改变虚假信念的传承，最少她还有妮莫奈，最少她不能让这孩子的信念也被夺去。
妮莫奈和多米大姐不同，她和阿艾尔很像，思想指向很单纯，潜意识的表现出一种本能的强烈的『反割裂、回归』意识。幼时她只是本能的想要超越，不知道也不在乎什么反抗什么证实，她只是向往着飞翔。而后来跨越时空成为少女的妮莫奈变得忧郁起来，除了看到因为自己原因而再次要面临悲剧真相的少女们，更大的原因是在于自己被剥夺飞翔的权利。妮莫奈在乎的并不是真相本身，她对谎言的命运并没有多大波动，（这正如成长中的儿童，有些表现出对现实的极度不安与挣扎，而有些就很自然而然的过渡）她真正想要的只有飞翔，只是保持自身的完整性。
对于这对如师徒、姐妹、母女、朋友、情人一般的拍档，失去信念而以对方为信念的多米，和一直保持的单纯心而变成支撑妮莫奈，即使处在悲剧真像的中心，最后也能以自己的方式支撑起原初，算是一种欣慰吧。
参考资料：http://tieba.baidu.com/f?kz=142721545