1、人粪尿及厩肥要充分发酵腐熟，最好通过生物菌沤制，并且追肥后要浇清水冲洗。禽畜粪便、作物秸秆等有机废弃物由于可能含有较多的病菌、虫卵、草籽等，容易引起蔬菜病虫害，另外也会通过蔬菜传播一些对人类健康有害的疾病。此外，直接施用的有机废弃物在田间会进一步发酵，产生大量热量，易引起烧苗。因此提倡施用腐熟的有机肥料或商品有机肥料，可最大限度的避免上述事件的发生。如施用半腐熟有机肥料应与根系之间用土隔开。人粪尿含氮高，在薯类、瓜类、甜菜等作物上不宜过多施用。
2、施用方法要科学。有些有机肥料肥效长，养分释放缓慢，一般应作基肥，结合深耕施用有利于土肥相融，促进水稳性团粒结构的形成，有效的改良土壤。作物生长期间施用有机肥料，应开沟条施或挖坑穴施，施后及时覆土，切不可撒于地表。
3、要合理搭配施用。有机肥料品种之间应该注意合理搭配施用，才能充分发挥肥料的缓效与速效相结合的优点。如羊粪中养分含量在家畜粪便中最高，分解速度较快，肥效较猛，为达到肥效平稳，应在羊粪中加入猪粪或牛粪混合施用；人粪尿是速效性有机肥 ，施用时应搭配粗纤维含量较高的厩肥。
种植有机蔬菜需要施用大量的有机肥料，以逐渐培养土壤优良的物理、化学性状，从而有利于蔬菜根系的生长以及微生物的繁殖。种植有机蔬菜要求以有机肥为主，辅以生物肥料，并适当种植绿肥作物培肥土壤。
1.种植有机蔬菜土壤施肥量的确定
蔬菜施肥量的多少，取决于蔬菜要达到的目标产量所需要的养分量、土壤供肥能力、肥料利用率等因素，其中根据蔬菜经济产量确定有效的施肥量，是保证蔬菜营养平衡和持续稳产的关键。
蔬菜的营养来源于土壤矿化物的释放、上茬蔬菜有机质的分解和当茬蔬菜的肥料补充。通常，作物对氮素的利用率，水田平均为35%～60%、旱田为40%～75%，对磷的利用率为10%～25%，对钾的利用率为10%～25%。对有机肥中磷的利用率为20%～30%、钾的利用率为50%。
有机蔬菜种植基地，应根据蔬菜种类的目标产量及对肥料的利用率制定合理的配方施肥方案。
2.种植有机蔬菜允许使用的肥料种类
（1）农家肥：如堆肥、厩肥、禽粪、家畜粪尿、沼气肥、作物秸秆、泥肥、沤肥、饼肥、草木灰、人粪尿（要符合规定，不能过量施用）等。
（2）生物菌肥：如腐殖酸类肥料、酵素菌肥料、根瘤菌肥料、固氨菌肥料、磷细菌肥料、钾细菌肥料、复合微生物肥料等。
（3）绿肥作物：如草木樨、紫云英、田菁、柽麻、紫花苜蓿等。
（4）有机矿物质肥料：包括钾矿粉、矿质硫酸钾、磷矿粉、矿质钙镁磷肥、镁矿粉、硼酸岩、石灰、石膏、黏土（如珍珠岩、蛭石等）、氯化钙、动植物废弃物及残质、垃圾、工厂有机污泥、泥炭等。种植有机蔬菜只能使用有限的矿物质，如长期使用矿物肥料，必须考虑其重金属含量不能超过国家标准。
（5）商品有机肥或生物有机肥：对于外购的商品有机肥或生物有机肥，有机产品标准要求应是通过有机认证或经认证机构许可的。对于未经认证的商品有机肥或生物有机肥的使用，必须首先获得认证机构的认可。凡是N+P+K含量过高，一般情况下如果总量超过6%，特别是超过8%的，必须调查清楚其成分，尤其要了解是否是掺有化肥的有机肥。向邻近农民或养殖场购买非商品化有机肥（农家肥或堆肥），使用者也应详细了解并甄别这些肥料的成分和堆制过程是否符合有关标准的规定。
施肥原则是在培肥土壤的基础上，通过土壤微生物的作用来供给作物养分，要求以有机肥为主，辅以生物肥料，并适当种植绿肥作物培肥土壤。
施肥种类
1、农家肥，如堆肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆、泥肥、饼肥等。
2、生物菌肥，包括腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、磷细菌肥料、复合微生物肥料等。
3、绿肥作物，如草木樨、紫云英、田菁、柽麻、紫花苜蓿等。
4、有机复合肥，如益利来活性（生物）有机肥、绿太阳液肥，亿安神力等。
5、其它有机生产产生的废料，如骨粉、氨基酸残渣、家畜加工废料、糖厂废料等。
