两者是相互帮助，相互协作的关系。
校学生会的管辖范围很大，工作性质与院学生会差别也很大。总体上来说，校学生会是院学生会的上级，小学生会的主要工作就是统筹安排院学生会的工作，将学校要求做的活动分配任务到各院系，同时协助并监督验收各院系的工作情况。校会的工作是面向全校的，他们从来不自己做活动，只是领导和分配，不是执行者。大多数时候都是在开会，商量如何分配任务。校会是受学校直接领导的，权利相当大，各院系要做什么活动都要向校会申请，批准后才能进行。在校会锻炼的机会更多，可以培养你的大局观，同时也可以接触到许多各院系的同学与学生会成员，对培养人脉有很大好处。
院系学生会只是面向自己院系的同学，范围相对窄一些，受院系和校会双重领导。主要工作就是配合校会，同时举办一些自己院系的特色活动。作为系会的成员，工作相对具体些，大一的干事锻炼的机会比较多，就是干活，跑腿。也不是说系会一无是处，系会可以锻炼你的吃苦耐劳能力和
执行力，这点校会一般是体现不多。
无论是校会还是系会，都可以积累人脉和锻炼与人交流
沟通能力，校会相对来说更全面些。但是反过来说，系会进入相对容易些，而校会则比较严格，不太容易进入。一般大学开学都是系会先招新，然后才是校会。我建议你先进系会，然后再去冲击校会，如果进去最好，到时可以考虑退出系会，这样比较保险