康古尔塔格金矿位于吐鲁番—哈密盆地南缘，阿齐山—雅满苏岛弧带内，秋格明塔什—黄山韧性剪切带西段。
矿区地层为下石炭统雅满苏组，以火山碎屑岩和火山熔岩为主。岩性为中酸性凝灰岩、安山岩、英安岩、流纹岩等。
金矿产于早期火山碎屑岩与安山岩或粗面岩的接触部位。矿脉长约1000m，宽5—20m，总体走向北东80°，倾向北北西，倾角72°—76°，受韧性剪切带的控制，连续性较好。其间形态呈舒缓坡状，沿走向膨大及缩小变化，分枝复合。沿倾向呈透镜状和叠瓦式脉状，矿带中矿体最大延深达600m（图3-1）。
图3-1 矿区地质示意图
1—中下石炭统苦水组；2—下石炭统雅满苏组：ss—砂岩；ls灰岩；αtf—安山质凝灰岩；ζtf—英安质凝灰岩；λtf—流纹质凝灰岩；λπ—石英斑岩；γπ—花岗斑岩；a—安山岩；ζ—英安岩；λ—流纹岩；δoμ—石英闪长玢岩；3—正断层；4—逆断层；5—地质界线；6—岩相界线；7—地层产状；8—脆-韧性剪切带；9—矿（床）点
矿石矿物主要为自然金、银金矿、黄铁矿、磁铁矿等。脉石矿物为石英、绿泥石。矿石类型有：含金黄铁矿、磁铁矿，绿泥石蚀变岩型；黄铁绢英岩型；黄铁矿石英脉型；多金属磁化物石英脉型。矿石结构构造主要为粒状浸染状、粒状脉状构造。
围岩蚀变主要有硅化、绿泥石化、绢云母化、黄铁矿化、碳酸盐化等。围岩蚀变在横向上出现分带现象。
图3-2 康古尔塔格金矿区域化探Au、Cu元素地球化学图（据国家305项目办公室）
1—康古尔塔格金矿；2—马头滩金矿