自2012年12月1日起，北京同仁医院、天坛医院和积水潭医院三家公立医院启动了医药分开改革。改革内容包括取消15%药品加成并增收医事服务费，与之前友谊医院和朝阳医院的试点相似。这三家医院的共同特点是专科突出且外地患者众多，药品收入占比相对较低，因此改革旨在缓解看病难的问题。
改革试点的焦点在于增加号源，以应对“一号难求”的现象。同仁医院眼科、耳鼻喉科等重点科室增加了大量普通号和专家号，如眼科的普通号由500个增至700个，增长40%。同时，同仁医院采取了晚间门诊和优化就医流程等措施，以减少患者等待时间。天坛医院和积水潭医院也采取了类似策略，扩充号源并调度医生资源。
尽管扩充号源增加了医生的工作量，但医院通过严格管理医疗质量，确保患者得到高质量的医疗服务。同时，增收的医事服务费将部分分配给医务人员，以提高医生的工作积极性。为保证合理用药，试点医院实施了处方金额上限和处方点评制度，以防止大处方和过度医疗的问题。
医药分开改革在专科医院的推进，标志着北京改革进程的加速。北京市医院管理局局长封国生指出，这类医院的改革更具挑战性，但有望总结出适合这类医院的改革经验。北京市医药分开改革计划在2013年扩大试点范围，央属公立医院的改革也在研究中。配套措施正逐步跟进，财政补偿机制也进行了调整，以支持改革的实施。
医药分开就是医治和用药分开，医只是医治，药不随医，降低医疗费用。改革以前，在中国的医疗体制中，患者在医院诊断和治疗之后，如果要使用药物治疗，就必须到医院的药房拿药，而改革之后，医院药房的收入成为医院正常经济运转的重要部分，因为经济利益驱动导致不合理用药的情况，所以，一些经济层面上的学者开出了治疗这些痼疾的“药方”。2012年12月1日，继友谊医院、朝阳医院两批试点之后，北京市同仁医院、天坛医院、积水潭医院三家公立医院起正式启动医药分开改革，取消15%药品加成、增收医事服务费。